Ce projet propose une formation pratique en analyse d'images biologiques pour les scientifiques du vivant. Il couvre les bases du traitement d'images microscopiques, la segmentation, la normalisation et l'extraction de caractéristiques cellulaires. Les participants apprennent à construire des pipelines d'analyse automatisés et à visualiser les résultats. Les supports pédagogiques incluent des notebooks Jupyter et des jeux de données issus du Human Protein Atlas.

Blocks est un plugin pour le logiciel d'analyse d'images biologiques Icy, développé par l'unité d'analyse d'images biologiques de l'Institut Pasteur. Il permet aux chercheurs et développeurs de créer des environnements de programmation visuelle pour concevoir des protocoles d'analyse d'images. Ce plugin facilite l'automatisation et la reproductibilité des analyses bioimages, en offrant des outils pour manipuler et traiter des données d'imagerie scientifique.

ROI blocks est un plugin pour le logiciel d'analyse d'images biologiques Icy, développé par l'unité d'analyse d'images biologiques de l'Institut Pasteur. Il permet aux chercheurs et biologistes de manipuler, analyser et extraire des données à partir de régions d'intérêt (ROI) dans des images microscopiques. Le plugin facilite la création de workflows automatisés pour le traitement d'images, améliorant ainsi l'efficacité et la reproductibilité des analyses bioimage.

Rhino for Icy est un plugin open source conçu pour enrichir les fonctionnalités du logiciel d'analyse bioimage Icy, développé par l'unité d'analyse d'images biologiques de l'Institut Pasteur. Il permet aux chercheurs et biologistes d'étendre les capacités de traitement d'images via un éditeur de scripts JavaScript, facilitant ainsi l'automatisation et la personnalisation des workflows d'analyse d'images microscopiques.

Ce projet fournit des outils de traitement d'images pour la bioimagerie, permettant d'automatiser le workflow d'analyse d'images et de s'intégrer avec des logiciels de bioimagerie existants. Il est conçu pour être facilement extensible et adaptable aux besoins spécifiques de chaque application.

Ce projet fournit un moteur Python intégré au logiciel Icy, dédié à l'analyse d'images biologiques. Il permet aux utilisateurs d'exécuter des scripts Python directement dans Icy, facilitant ainsi l'automatisation des traitements d'images et l'ajout de fonctionnalités personnalisées. Développé par l'unité d'analyse d'images biologiques de l'Institut Pasteur, il s'intègre dans un écosystème open source dédié à la recherche en bioimagerie.

Protocoles est une extension pour le logiciel d'analyse d'images biologiques Icy, permettant de concevoir graphiquement des workflows d'analyse d'images. Il facilite l'automatisation de traitements sur de multiples images sans nécessiter de connaissances en programmation. Les protocoles créés peuvent être partagés et réutilisés par la communauté, optimisant ainsi les analyses en bioimagerie.