Outil open source conçu pour automatiser et orchestrer des workflows d'analyse d'imagerie cérébrale fonctionnelle (IRMf). Il permet de construire des chaînes de traitement à partir de descriptions de configurations, d'exécuter ces workflows en parallèle sur des clusters de calcul, puis de post-traiter les résultats pour en extraire des statistiques et des corrélations. Destiné aux chercheurs et cliniciens en neurosciences, il facilite la reproductibilité et l'analyse comparative des données.

Outil dédié à l'identification et à l'analyse des petits ARN dans les données de séquençage haut débit de *Caenorhabditis elegans*. Ce projet facilite la recherche en génomique fonctionnelle en fournissant des méthodes automatisées pour traiter et interpréter des jeux de données complexes issus de séquençage.

Pipeline d'analyse dédié au séquençage d'exomes, permettant de traiter des données de lecture génomique pour identifier et annoter des variants. Il automatise les étapes clés comme l'alignement des séquences, la détection de mutations et l'annotation fonctionnelle, facilitant ainsi l'interprétation des données génomiques pour des applications en recherche médicale ou en génétique clinique.

Ce pipeline automatisé permet d'analyser des données de séquençage RNAseq pour identifier les gènes exprimés de manière différentielle entre des échantillons biologiques. Il traite des données brutes issues de séquenceurs Illumina HiSeq, nettoie les séquences, aligne les lectures sur un génome de référence, compte les caractéristiques génomiques et détecte les gènes dont l'expression varie significativement. Utilisé principalement en recherche biomédicale et en génomique fonctionnelle.

Ce projet propose un workflow automatisé pour l'analyse de données de séquençage bisulfite (BS-Seq) à l'aide de l'outil Bismark. Il permet de traiter des données génomiques végétales, notamment pour étudier la méthylation de l'ADN dans des échantillons de riz. Le pipeline intègre des outils spécialisés pour le prétraitement, l'alignement et l'analyse des données, facilitant ainsi la recherche en génomique fonctionnelle.

Projet open source visant à reproduire et automatiser les tutoriels du logiciel SPM (Statistical Parametric Mapping) pour l'analyse de données d'imagerie par résonance magnétique fonctionnelle (IRMf). Il permet de traiter des données brutes, effectuer des prétraitements (alignement, segmentation, normalisation), modéliser des réponses cérébrales et générer des résultats reproductibles pour des études en neurosciences.