Ce projet propose des outils pour analyser et comparer des profils épigénétiques à partir de fichiers BigWig. Il permet de mesurer les distances entre différents clusters de données génomiques, calculer des indices de silhouette pour évaluer la qualité des regroupements, et générer des matrices de corrélation. Les outils sont conçus pour traiter des données biologiques complexes et fournir des résultats exploitables pour la recherche en épigénétique.

Disseq est un projet dédié au calcul de distances entre séquences génétiques, notamment entre reads issus de séquençage NGS. Il permet de comparer des barcodes ADN ou des séquences génétiques pour des analyses environnementales ou taxonomiques. Les outils développés génèrent des matrices de distances exactes ou approchées, facilitant la classification et la clustering de données biologiques.

Outil en ligne de commande dédié à l'analyse de données génomiques ou de matrices de distance. Il permet de réaliser des classifications basées sur les arbres de spanning minimum (MST), de calculer des distances entre profils, de générer des arbres hiérarchiques et des statistiques pour évaluer l'efficacité des clusters. Utilisé notamment pour étudier la diversité génétique de souches bactériennes comme Bordetella ou Corynebacterium.

Ce projet propose une bibliothèque permettant de comparer des profils de recommandations à partir de jeux de données fournis. Il permet de calculer une matrice de distance entre profils et de représenter cette matrice sous forme de graphe.

Interface entre R et le service de routage basé sur OpenStreetMap, OSRM. Permet le calcul d'itinéraires, de trajets, d'isochrones et de matrices de distances (temps et distances kilométriques) en utilisant un service OSRM en cours d'exécution.