PhageTermVirome est un logiciel dédié à l'analyse des génomes de phages et des viromes. Il permet de déterminer les terminaisons génomiques et les modes d'encapsidation des phages à partir de données de séquençage. L'outil calcule des valeurs de couverture pour identifier les terminaisons cohésives, les répétitions terminales directes ou les modes d'encapsidation de type Mu. Il génère des rapports détaillés et des tableaux statistiques pour faciliter l'interprétation des résultats.

Panacus est un outil dédié à l'analyse statistique de fichiers GFA, principalement utilisés en génomique pour représenter des graphes de pangenomes. Il permet de calculer des histogrammes de couverture, des statistiques de croissance du pangénome et des tableaux de couverture résolus par groupe ou par chemin. Son utilisation est particulièrement adaptée aux graphes non chevauchants où les liens entre segments sont bien définis.

Ce pipeline Snakemake calcule des statistiques de couverture pour les gènes dans une liste de génomes, à partir d'une liste de fichiers BAM indexés.