ANOMALY est un workflow R simple et personnalisable pour l'analyse de communautés microbiennes. Il utilise le niveau ASV pour la caractérisation des communautés et intègre toutes les ressources des méthodes actuelles telles que le suivi des séquences, la décontamination, l'annotation taxonomique fusionnée, les tests statistiques et l'analyse différentielle croisée validée.

BIOCOM-PIPE est une pipeline d'analyse de métagénomique conçue pour caractériser les communautés microbiennes et étudier la diversité microbienne dans différents écosystèmes. Elle permet la reconstruction de génomes bactériens et fournit une analyse approfondie des données de séquençage.