Eno-CLI est un outil en ligne de commande permettant de faciliter l'utilisation de l'outil Eno en proposant des commandes de génération de fichiers.

Outil en ligne de commande permettant de générer des identifiants uniques pour des environnements de développement, tels que des namespaces Kubernetes ou des noms de bases de données, à partir de noms de branches Git.

Le Genome Analysis Toolkit (GATK) est un ensemble d'outils en ligne de commande permettant d'analyser des données de séquençage haut débit, avec un accent particulier sur la découverte de variations. Les outils peuvent être utilisés individuellement ou enchaînés dans des workflows complets. Ce dépôt contient une version spécifique de GATK (4.1.4.1) installée dans un environnement Miniconda3 et empaquetée dans un conteneur Singularity.

XMLify est un outil permettant de convertir des données CSV en fichiers XML TEI, Nakala ou Sitemap. Il peut être utilisé en ligne de commande, en tant que script Python autonome ou avec une interface graphique. XMLify requiert des modèles d'en-tête et de mappage pour savoir comment mapper les colonnes du fichier CSV aux champs XML. Il peut générer un fichier XML différent pour chaque ligne du fichier CSV d'entrée ou tout regrouper dans un seul fichier de sortie.

Layerapi2 est une bibliothèque et un ensemble d'outils en ligne de commande permettant de gérer un système d'environnement informatique multi-couches. Il est plus simple, probablement plus opinionné et fiable qu'environment modules, mais moins orienté HPC et ne gère qu'un seul compilateur.

MolPred est un framework basé sur Hydronaut pour la construction de prédicteurs de caractéristiques moléculaires à l'aide de Chemfeat. Il offre les avantages de l'un et de l'autre, ainsi que plusieurs autres avantages : tous les hyperparamètres sont gérés via des fichiers de configuration YAML, y compris la sélection de modèles, ensembles de fonctionnalités moléculaires et métriques, avec un support complet pour les surcharges en ligne de commande. Les hyperparamètres peuvent être explorés à l'aide de balayages systématiques ou d'algorithmes d'optimisation. L'optimisation peut être suivie en temps réel avec Optuna Dashboard lors de l'utilisation du plugin Hydra's Optuna sweeper. Tous les paramètres, métriques, modèles et autres artefacts sont suivis avec MLflow. Les tests et les prédictions peuvent être effectués en récupérant des modèles et des configurations d'ensembles de fonctionnalités à partir de runs MLflow précédents. Les modèles peuvent être facilement ajoutés en enregistrant des sous-classes d'une classe fournie. Les classes enregistrées peuvent être sélectionnées par nom à partir du fichier de configuration. De nouvelles calculateurs d'ensembles de fonctionnalités chimiques/moléculaires peuvent être ajoutés et enregistrés via des sous-classes simples. Les calculs de fonctionnalités sont mis en cache dans une base de données locale pour éviter les calculs redondants.

Run-nb est un outil qui permet d'exécuter des notebooks Jupyter à partir de la ligne de commande et d'envoyer des rapports par email en cas de succès ou d'échec de l'exécution. Les exécutions de notebooks sont sauvegardées en tant que fichiers .ipynb et .html sur le système de fichiers local, et peuvent également être enregistrées en tant que fichiers .pdf. Il comprend également une interface web pour afficher les rapports d'exécution des notebooks. Un planificateur est inclus, vous n'avez donc pas besoin de vous appuyer sur cron.

Vagrant-switch est un outil en ligne de commande permettant de gérer et d'automatiser le déploiement de machines virtuelles. Il permet de facilement switcher entre différents environnements de développement, ce qui facilite le travail des développeurs et accélère le processus de développement.

Outflow est un framework permettant de construire et d'exécuter des workflows de tâches. L'API est simple tout en offrant un contrôle complet sur la définition et l'exécution des workflows. Il prend en charge l'exécution parallélisée et distribuée, dispose d'une interface de ligne de commande centralisée pour les commandes de pipeline, d'un accès intégré à une base de données avec des modèles SQLAlchemy et des migrations Alembic, d'un enregistrement des exécutions et des exceptions pour la traçabilité, ainsi que des vérifications strictes de type et d'entrée/sortie pour un pipeline robuste.

Le logiciel N2PComp permet de comparer les résultats de trois outils de détection de gènes initiaux en une seule exécution. Il génère les entrées nécessaires pour NetSeed et Precursor en se basant sur les informations fournies en ligne de commande. Les résultats sont ensuite affichés pour faciliter la comparaison.