MetExplore 3 Java est une plateforme dédiée à l'analyse et à l'exploration des réseaux métaboliques. Elle permet aux chercheurs et biologistes de charger, visualiser et analyser des données issues de bases de données biologiques comme KEGG ou ChEBI. L'outil facilite l'intégration de réseaux métaboliques, la comparaison de voies métaboliques et la gestion de collections de données pour des études en métabolomique et biologie des systèmes.

Ce projet académique compare différentes méthodes de clustering (k-means, classification hiérarchique, clara, EM) appliquées à des données de transcriptomique. L'objectif est d'identifier des groupes de gènes corrélés pour comprendre des phénomènes de co-régulation ou d'association à des maladies. Les résultats sont analysés et comparés entre méthodes, puis enrichis via des ontologies de gènes pour évaluer leur pertinence biologique. Des visualisations et rapports détaillés sont générés pour faciliter l'interprétation des données.

Outil dédié à l'analyse approfondie de données issues du séquençage RNA (RnaSeq). Il permet aux chercheurs et biologistes d'interpréter les résultats de séquençage en générant des rapports détaillés sur l'expression des gènes. Le script facilite la comparaison entre différents échantillons et génotypes, aidant ainsi à identifier des variations biologiques ou des réponses à des traitements.

CoGSEA est un outil bioinformatique dédié à l'analyse comparative d'enrichissement de gènes. Il permet aux chercheurs en biologie et en génomique d'interpréter des données transcriptomiques complexes en identifiant les voies biologiques significativement enrichies. Cet outil facilite la comparaison de profils d'expression génique entre différentes conditions expérimentales, aidant ainsi à comprendre les mécanismes moléculaires sous-jacents à des processus biologiques ou pathologiques.

Outil dédié à la standardisation et à la comparaison de réseaux métaboliques. Il permet d'identifier les différences entre un réseau cible et un réseau de référence en analysant les métabolites et les réactions. Le projet génère des fichiers de correspondance, des scores de similarité et des listes d'entités uniques ou divergentes, facilitant ainsi la normalisation des données biologiques.

Le projet pbrfrtuning est une application Shiny permettant l'analyse et la visualisation de données biologiques, en particulier de données génomiques. Il offre des fonctionnalités de comparaison et de visualisation de ces données à l'aide de graphiques interactifs et dynamiques.

EasyFig 3 est un outil dédié à la visualisation graphique de régions génétiques annotées et à la comparaison de régions homologues. Il permet aux chercheurs et biologistes de générer des figures claires et personnalisables à partir de données génomiques (séquences FASTA ou GenBank). L'application facilite l'analyse visuelle des annotations, des similarités entre séquences et des caractéristiques génétiques, tout en offrant des options de personnalisation avancées pour répondre aux besoins spécifiques des publications scientifiques ou des présentations.

Ce projet fournit des outils pour convertir et standardiser les identifiants de gènes du nématode *Caenorhabditis elegans*. Il permet aux chercheurs en biologie de transformer des identifiants entre différents formats (cosmid, nom de gène, identifiant Wormbase) pour faciliter les analyses génomiques et les comparaisons de données. Les scripts et fonctions proposés s'appuient sur des données issues de Wormbase, une base de données de référence en génétique du nématode.

MOWL bench est un projet dédié à l'évaluation et à la comparaison de benchmarks pour des ontologies issues du corpus MOWL. Il propose des traductions de bases de connaissances associées et inclut des requêtes complexes issues des niveaux profonds du processus de chase. Le projet couvre divers domaines comme la simulation sociale, l'encodage de données, la biologie ou encore l'algorithmique.

GenoFig est un outil dédié à la visualisation graphique de régions génomiques annotées et à la comparaison de régions homologues entre séquences génétiques. Il permet aux chercheurs et biologistes de générer des figures claires et personnalisables pour illustrer des données génomiques, facilitant ainsi l'analyse et la présentation des résultats scientifiques. L'application prend en charge les formats GenBank et FASTA, et offre des fonctionnalités avancées pour mettre en évidence des gènes ou des caractéristiques spécifiques.