Ce projet est un workflow Snakemake dédié à l'analyse phylogénétique de familles de gènes. Il permet de construire des profils HMM (Hidden Markov Models) à partir d'alignements de séquences protéiques, de rechercher ces profils dans des protéomes, et de reconstruire des arbres phylogénétiques pour étudier les relations évolutives entre espèces. Les résultats incluent des alignements multiples, des arbres phylogénétiques et des statistiques associées, facilitant la comparaison des génomes et l'identification de gènes d'intérêt.

Ce projet vise à améliorer l'assemblage génomique de la petite mulette, une espèce d'eau douce en déclin, en utilisant des données de séquençage PacBio et Hi-C. L'objectif est de reconstruire un génome de référence à l'échelle chromosomique pour étudier les trajectoires démographiques d'espèces modèles et en déclin, afin d'éclairer les stratégies de conservation. Les analyses incluent le nettoyage des données, l'évaluation de la qualité des assemblages et la comparaison de méthodes de scaffolding.