Outil d'alignement et d'analyse de données RNAseq (notamment SMART-Seq2) pour la génomique. Ce pipeline automatise le traitement des fichiers FASTQ en les alignant sur un génome de référence avec Hisat2, puis en comptant les transcrits avec htseq-count. Il génère des fichiers BAM, des tableaux de comptage bruts et normalisés, ainsi que des données prêtes pour des analyses différentielles avec DESeq2.