Ce projet vise à fournir des outils pour l'analyse, la comparaison et la construction de pangénomes bactériens. Il s'appuie sur des technologies telles que Snakemake et Singularity pour automatiser les workflows et faciliter le déploiement des outils.

Pggb est un pipeline de construction de graphes pangénomiques qui transforme des collections de séquences génomiques en graphes de pangenome. Il permet de modéliser les variations génétiques entre individus, facilitant ainsi l'analyse comparative et la visualisation des données génomiques. Utilisé principalement en bioinformatique, il aide les chercheurs à comprendre les structures génomiques complexes et à identifier des variations pertinentes pour des applications médicales ou agronomiques.

Outil d'alignement de génomes conçu pour faciliter la construction de pangenomes. Il permet d'identifier des homologies entre séquences génomiques à grande échelle, même en cas de divergence élevée (jusqu'à 70% d'identité nucléotidique moyenne). Optimisé pour des alignements rapides sur des nœuds de calcul modestes, il est utilisé pour traiter des génomes de taille gigabase en quelques minutes à quelques heures.

Pggb est un pipeline de construction de graphes de pangenomes permettant de représenter les variations génétiques au sein d'une espèce. Il prend en entrée une collection de séquences et génère un graphe de pangenome dans le modèle de variation graph. Cet outil est particulièrement utile pour l'analyse comparative de génomes et la compréhension de la diversité génétique au sein d'une espèce.