Outil dédié à l'extraction et à la conversion de données protéiques issues de fichiers XML au format Uniprot. Il permet de générer des fichiers FASTA à partir de listes d'IDs d'accession ou d'extraire des séquences XML depuis des fichiers FASTA. Compatible avec les systèmes d'exploitation courants, il facilite le traitement et l'analyse de données biologiques pour les chercheurs et les laboratoires.

Bibliothèque de fonctions dédiée à la conversion de fichiers structurés (OBO, TSV, etc.) en données au format JSON-Graph. Elle permet de transformer des jeux de données biologiques ou génomiques en graphes pour une visualisation et une analyse simplifiées. Intégrée aux outils de la plateforme codev4graph, elle facilite l'étude des relations entre entités biologiques comme les gènes ou les protéines.

Outil spécialisé dans la conversion de fichiers OBO (Ontology-Based Objects) au format JSON pour faciliter leur visualisation sous forme de graphes. Il permet d'extraire des sous-ensembles d'ontologies selon des critères spécifiques, comme des noms d'espaces de noms, et s'intègre facilement avec des outils dédiés à l'analyse de données biologiques ou génomiques.

Outil permettant de transformer des fichiers SBML (Systems Biology Markup Language) en format JSON compatible avec des outils de visualisation de réseaux métaboliques comme MetExploreViz. Il facilite l'analyse et la représentation graphique des voies métaboliques pour les biologistes et bioinformaticiens, en automatisant la conversion des données et en générant des structures exploitables par des logiciels spécialisés.

SeqKit est un outil bioinformatique multiplateforme et ultra-rapide conçu pour manipuler des fichiers de séquences biologiques au format FASTA ou FASTQ. Il permet d'effectuer des opérations courantes comme le filtrage, le tri, la conversion ou l'extraction de séquences, facilitant ainsi l'analyse et le traitement de données génomiques à grande échelle.

Orthofinder2JSON-Graph est un outil spécialisé dans la conversion des résultats d'Orthofinder au format JSON, optimisé pour une visualisation sous forme de graphes. Il transforme les données d'orthologie en structures accessibles, facilitant ainsi l'interprétation des relations entre protéines et espèces. Ce projet s'adresse principalement aux chercheurs en bioinformatique et en biologie évolutive souhaitant analyser et visualiser des ensembles de gènes orthologues.