Bibliothèque de fonctions dédiée à la conversion de fichiers structurés (OBO, TSV, etc.) en données au format JSON-Graph. Elle permet de transformer des jeux de données biologiques ou génomiques en graphes pour une visualisation et une analyse simplifiées. Intégrée aux outils de la plateforme codev4graph, elle facilite l'étude des relations entre entités biologiques comme les gènes ou les protéines.

Outil spécialisé dans la conversion de fichiers OBO (Ontology-Based Objects) au format JSON pour faciliter leur visualisation sous forme de graphes. Il permet d'extraire des sous-ensembles d'ontologies selon des critères spécifiques, comme des noms d'espaces de noms, et s'intègre facilement avec des outils dédiés à l'analyse de données biologiques ou génomiques.

Ce projet permet d'extraire et d'analyser des données génomiques à partir de graphes de pangenome (GFA). Il facilite l'identification des nœuds spécifiques à des haplotypes, la génération de matrices de présence/absence, et la conversion de formats pour des analyses comparatives. Les outils intégrés permettent de manipuler des régions génomiques ciblées et de produire des fichiers VCF pour étudier les variations entre individus ou populations.

SeqKit est un outil bioinformatique multiplateforme et ultra-rapide conçu pour manipuler des fichiers de séquences biologiques au format FASTA ou FASTQ. Il permet d'effectuer des opérations courantes comme le filtrage, le tri, la conversion ou l'extraction de séquences, facilitant ainsi l'analyse et le traitement de données génomiques à grande échelle.

BCFtools est un ensemble d'utilitaires permettant de manipuler des variants appelés en format VCF et BCF. Il permet d'effectuer diverses opérations telles que la conversion de fichiers VCF en BCF, le filtrage de variants génétiques et l'analyse de données génomiques.