IsbpFinder est un script Perl dédié à la conception de marqueurs ISBP (Insertion Site Based Polymorphism) pour l'amplification de jonctions entre éléments transposables dans des génomes de plantes. Il permet la création de caractéristiques représentant des primers/amplicons couvrant la jonction entre deux éléments transposables, offrant ainsi une vue graphique des différents marqueurs conçus via un logiciel d'annotation de séquences tel qu'Artemis.