PLMdetect est un outil développé depuis 2010 permettant la détection de motifs sur-représentés à une distance spécifique du site de démarrage ou d'arrêt de la transcription dans des séquences d'ADN. Il a été utilisé dans plusieurs études pour l'analyse de régions promotrices de gènes et la recherche de motifs impliqués dans la régulation de la transcription.

Ce projet a pour but d'analyser des séquences d'ADN afin de détecter les répétitions et les motifs qui s'y trouvent. Il permet de comparer des génomes entre eux et de fournir des informations utiles pour la recherche en génomique.

DeepSTR est un projet d'analyse et de prédiction de l'impact fonctionnel des variations du génome, en particulier les variations répétitives (STR). Il inclut des algorithmes de machine learning et de fouille de données pour détecter des motifs dans les séquences d'ADN et prédire leur impact sur la régulation génique.

Serratus-Palmfold est un projet open source dédié à l'analyse comparative de séquences génomiques à grande échelle. Il permet aux chercheurs en biologie et bioinformatique d'identifier des similarités entre génomes, de détecter des motifs fonctionnels et d'accélérer la découverte de gènes ou de régions d'intérêt. L'outil s'appuie sur des algorithmes avancés pour traiter des volumes massifs de données génomiques, facilitant ainsi la recherche fondamentale et appliquée en génomique.

Ce projet vise à développer une preuve de concept pour l'analyse et la détection d'unités de transcription (unitigs) dans des séquences génomiques. Il permet d'identifier des motifs récurrents et d'optimiser les pipelines de traitement des données génomiques pour des applications en recherche biomédicale ou en génomique fonctionnelle.

BPM est un logiciel spécialisé dans la recherche exacte de motifs génétiques dans l'ADN. Il permet d'indexer des milliers de motifs génétiques pour les retrouver rapidement dans des génomes complets. L'outil est optimisé pour traiter des génomes bactériens en moins d'une seconde, même avec des centaines de milliers de motifs à rechercher. Il est particulièrement utile pour l'analyse génomique, la détection d'allèles ou la comparaison de séquences.

RepeatPlot est un outil bioinformatique conçu pour analyser et visualiser les répétitions de séquences dans les chromosomes de procaryotes. Il permet de détecter les paires de régions répétées et de générer des figures graphiques en format SVG pour représenter leurs positions et similarités. L'outil facilite l'étude des mécanismes évolutifs et l'identification de motifs génomiques récurrents dans les génomes bactériens.

Le projet channel_coding est un outil d'analyse de séquences génétiques. Il permet la détection de motifs dans des séquences, la correction d'erreurs et la génération de consensus.

RedOak est un logiciel libre et open source conçu pour indexer et analyser de grandes collections de génomes similaires. Il permet une approche sans alignement ni référence, facilitant l'étude des séquences génomiques, la détection de motifs communs ou spécifiques, et l'optimisation des ressources de stockage. Utilisable en bioinformatique, il s'adresse aux chercheurs et institutions travaillant sur des données génomiques.