Spot Detector est une extension pour le logiciel d'analyse bioimage Icy, développée par l'unité d'analyse d'images biologiques de l'Institut Pasteur. Cet outil permet de détecter et compter des spots dans des images biologiques, comme des noyaux cellulaires ou des cellules, dans des images 2D ou 3D. Il offre des fonctionnalités de filtrage, de tri et d'export des détections sous forme de fichiers Excel ou d'images annotées.

Extension pour le logiciel Icy dédiée à l'analyse d'images biologiques. Spot Detector permet de détecter et compter automatiquement des spots (noyaux, cellules) dans des images 2D ou 3D, souvent bruitées. Il offre des fonctionnalités de filtrage, de tri par régions d'intérêt et d'export des données en fichiers Excel. Utilisé principalement en imagerie cellulaire et microscopie, il facilite l'analyse quantitative des images issues de la recherche biomédicale.

Ce projet est une collection d'outils permettant l'analyse de données sur le dégradosome RNase J dans Helicobacter pylori. Il inclut des scripts pour la détection et le suivi de particules dans des images microscopiques, ainsi que pour la segmentation et la classification de noyaux cellulaires.

Outil de segmentation automatique pour l'analyse d'images biologiques, spécialisé dans la détection des contours de noyaux ou de cellules à partir d'une région d'intérêt approximative. Permet l'étude de la morphodynamique cellulaire et le suivi de cellules en mouvement lent. Compatible avec les images 2D et 3D, il s'intègre comme un plugin dans le logiciel Icy, dédié à l'analyse d'images bio-médicales.

Bibliothèque Python pour la détection et l'extraction de données quantitatives à partir d'images de noyaux cellulaires en microscopie.