Atelier Cluster est un tutoriel pratique visant à enseigner la création de pipelines bioinformatiques automatisés. Il guide les utilisateurs dans la configuration d'environnements conda, la gestion de code source avec git, et l'exécution de workflows sur un gestionnaire de tâches comme SGE. Basé sur des outils standards de la bioinformatique, il permet aux chercheurs et étudiants de maîtriser les bonnes pratiques pour traiter des données scientifiques de manière reproductible et efficace.

Ce projet permet de déployer des serveurs Galaxy personnalisés sur l'infrastructure cloud de l'IFB (Institut Français de Bioinformatique). Il offre un environnement accessible et reproductible pour la recherche computationnelle en bioinformatique, incluant des outils et des banques de données adaptables. Les utilisateurs peuvent configurer leur instance Galaxy selon leurs besoins spécifiques, que ce soit via Docker ou Ansible.

Ce projet fournit un exemple de workflow structuré selon les conventions de Snakemake, un outil dédié à l'automatisation de pipelines bioinformatiques. Il illustre comment organiser des règles de traitement, des environnements logiciels et des scripts pour créer des workflows reproductibles et modulaires. Idéal pour les chercheurs ou développeurs souhaitant standardiser leurs analyses.

Le projet Biosphere Galaxy App permet de déployer des serveurs Galaxy personnalisés sur l'infrastructure cloud de l'IFB. Il offre un environnement dédié à la recherche computationnelle accessible, reproductible et transparente, incluant des outils bioinformatiques et des bases de données biologiques. Les utilisateurs peuvent configurer leur instance Galaxy selon leurs besoins en choisissant des versions spécifiques, des outils et des banques de données.

Le projet Biosphere Galaxy App permet de déployer des serveurs Galaxy personnalisés sur l'infrastructure cloud de l'IFB. Il offre un environnement de calcul bioinformatique ouvert, reproductible et transparent, accessible via une interface web. Les utilisateurs peuvent configurer leur instance Galaxy avec des piles logicielles spécifiques, des banques de données et des outils adaptés à leurs besoins de recherche. L'outil facilite la collaboration et le partage de données dans le domaine de la biologie computationnelle.

Guix est un gestionnaire de paquets et un environnement d'exécution qui permet la création de pipelines bioinformatiques reproductibles. Il permet de gérer les dépendances logicielles pour l'analyse génomique, facilitant ainsi le partage et la réutilisation des workflows.

Ce projet est un conteneur Singularity basé sur Debian 9.8 slim, contenant une installation de Miniconda3 avec Python 3.7.4 version miniconda3_py37_4.11.0. Il permet de construire et de partager un environnement logiciel reproductible pour la recherche en bioinformatique et l'analyse de données génomiques.

Ce projet fournit des recettes et des images conteneurisées pour les outils FastQC et MultiQC, utilisés en bioinformatique pour l'analyse de données de séquençage. FastQC permet de vérifier la qualité des données brutes, tandis que MultiQC agrège et visualise les résultats de multiples échantillons. Les images Singularity garantissent une exécution reproductible et portable des analyses, adaptées aux environnements de recherche ou de production.

Snakemake est un outil open source conçu pour automatiser et standardiser les pipelines d'analyse de données, notamment en bioinformatique. Il permet de définir des workflows reproductibles et modulaires pour traiter des données génomiques ou autres, en optimisant l'utilisation des ressources de calcul disponibles. Utilisé dans des environnements de recherche et de calcul intensif, il facilite la collaboration et la traçabilité des analyses scientifiques.

Ce projet a pour but de faciliter la reproductibilité des workflows de bioinformatique en fournissant des environnements virtuels et en optimisant l'utilisation des ressources de calcul. Il vise également à promouvoir la réutilisabilité et la collaboration dans la recherche en bioinformatique.