Ce dépôt centralise les bibliothèques tierces (TPLs) nécessaires à la compilation et à l'exécution de l'application proxyApp, dédiée au calcul haute performance. Il regroupe des outils comme KOKKOS, RAJA, Chai ou Umpire, essentiels pour les simulations scientifiques et les calculs parallèles. Les bibliothèques sont préconfigurées pour une intégration simplifiée via CMake, permettant aux développeurs de se concentrer sur leur code métier sans gérer manuellement les dépendances complexes.

Ce projet automatise le traitement de fichiers génomiques en découpant des séquences FASTA et en exécutant des requêtes BLAST en parallèle. Il permet d'optimiser les analyses génomiques en réduisant le temps de calcul grâce à une parallélisation efficace sur des infrastructures de calcul haute performance comme SLURM. Destiné aux chercheurs et laboratoires en biologie moléculaire, il facilite l'exploration de grandes bases de données génétiques.

Ce projet propose des exercices pratiques pour l'enseignement du calcul parallèle. Il permet aux étudiants et apprenants de s'entraîner à compiler et exécuter des programmes parallèles en utilisant des bibliothèques comme MPI. Les exercices couvrent des concepts fondamentaux et des cas concrets pour maîtriser les techniques de parallélisation.

Outil open source conçu pour automatiser et orchestrer des workflows d'analyse d'imagerie cérébrale fonctionnelle (IRMf). Il permet de construire des chaînes de traitement à partir de descriptions de configurations, d'exécuter ces workflows en parallèle sur des clusters de calcul, puis de post-traiter les résultats pour en extraire des statistiques et des corrélations. Destiné aux chercheurs et cliniciens en neurosciences, il facilite la reproductibilité et l'analyse comparative des données.

Scalatrace est un outil dédié à l'analyse et à la simulation de performances pour les applications parallèles et distribuées. Il permet de capturer des traces d'exécution détaillées (temps écoulé, nombre d'instructions) lors de l'exécution de benchmarks HPC ou d'applications scientifiques. Ces traces peuvent ensuite être réutilisées pour simuler ou optimiser les performances sur différents environnements matériels, facilitant ainsi l'évaluation et l'amélioration des infrastructures de calcul haute performance.

PhoenixThread est une bibliothèque C++ conçue pour faciliter la gestion de tâches parallèles et l'exécution de commandes système de manière optimisée. Elle permet aux développeurs d'orchestrer des processus en arrière-plan, de suivre leur état et de gérer efficacement les ressources disponibles. Idéale pour les applications nécessitant des calculs intensifs ou des traitements asynchrones, elle simplifie le développement multithread tout en offrant des outils pour le suivi et la synchronisation des tâches.

Le projet nxc-dyn-procs vise à faciliter l'utilisation de NixOS-Compose pour décrire et gérer des environnements de calcul parallèle distribué, en particulier pour l'exécution d'applications sur des clusters. Il permet de définir des compositions d'environnements, reproductibles et adaptées à différentes cibles (VM, Docker, Grid'5000), en utilisant des packages spécifiques tels que pmix, prrte, openmpi, miniapps et dyn_rm.

Kokkos est un écosystème de bibliothèques C++ conçu pour permettre aux développeurs de créer des applications performantes et portables sur diverses architectures de calcul haute performance. Il offre des abstractions pour l'exécution parallèle du code et la gestion des données, en ciblant des plateformes comme les GPU (CUDA, HIP, SYCL), les CPU multi-cœurs (OpenMP, threads C++) et les systèmes distribués (HPX). Utilisé dans la recherche et l'industrie, il simplifie le développement tout en maximisant les performances.

Ce projet fournit un guide pratique pour utiliser Singularity, un outil de conteneurisation, afin de créer des environnements isolés et reproductibles pour exécuter des calculs parallèles avec OpenMPI. Il s'adresse aux chercheurs et ingénieurs souhaitant déployer des applications MPI sur des clusters de calcul de manière simplifiée, sans les contraintes des machines virtuelles classiques. Le projet inclut des exemples concrets pour compiler et exécuter des programmes MPI dans des conteneurs, facilitant ainsi la reproductibilité et la portabilité des calculs.

Libcardan est un modèle de projet template pour le développement de logiciels en Fortran, conçu pour faciliter la création de bibliothèques et d'exécutables scientifiques. Il fournit une structure de projet standardisée, des outils de compilation automatisés via CMake, et des modules pour gérer des fonctionnalités avancées comme le parallélisme (OpenMP/MPI) ou l'intégration de LAPACK. Idéal pour les chercheurs et ingénieurs en calcul numérique.