Ce projet est un workflow pour la détection automatique de taches solaires dans des images du soleil fournies par les télescopes USET à Bruxelles. Il est utilisé comme exemple dans le MOOC Reproducible Research II.

Ce projet propose des exemples et des tutoriels pour maîtriser Snakemake, un outil puissant d'automatisation de workflows. Il s'adresse principalement aux chercheurs et développeurs en bioinformatique souhaitant créer des pipelines de traitement de données reproductibles et modulaires. Les cas d'usage incluent l'analyse de données génomiques, la gestion de tâches complexes et l'optimisation des processus scientifiques.

Ce projet fournit un exemple de workflow structuré selon les conventions de Snakemake, un outil dédié à l'automatisation de pipelines bioinformatiques. Il illustre comment organiser des règles de traitement, des environnements logiciels et des scripts pour créer des workflows reproductibles et modulaires. Idéal pour les chercheurs ou développeurs souhaitant standardiser leurs analyses.

Projet d'exemple illustrant l'utilisation de Snakemake pour automatiser des pipelines de bioinformatique. Il permet de traiter des fichiers BAM et d'appeler des variants génétiques à l'aide de GATK. Le workflow est configuré via un fichier JSON et exécuté en parallèle pour optimiser les performances.