MetExplore 3 Java est une plateforme dédiée à l'analyse et à l'exploration des réseaux métaboliques. Elle permet aux chercheurs et biologistes de charger, visualiser et analyser des données issues de bases de données biologiques comme KEGG ou ChEBI. L'outil facilite l'intégration de réseaux métaboliques, la comparaison de voies métaboliques et la gestion de collections de données pour des études en métabolomique et biologie des systèmes.

MetExplore Database est une base de données relationnelle dédiée à l'exploration des réseaux métaboliques. Elle stocke des modèles biologiques, des références de bases de données et des contextes publics pour les métabolites et réactions. Utilisée principalement par des chercheurs et développeurs en bioinformatique, elle permet de tester et valider des outils d'analyse métabolomique dans un environnement contrôlé.

Plateforme publique dédiée à la découverte et à l'exploration de données scientifiques liées aux ressources génétiques végétales, aux collections de plantes et aux informations botaniques. Elle permet aux chercheurs, agronomes et professionnels du secteur agricole d'accéder à des bases de données fédérées, d'effectuer des recherches avancées et de visualiser des informations géolocalisées sur les ressources biologiques.

OrthoInspector est une suite logicielle spécialisée dans la détection rapide et performante des relations d'orthologie et d'inparalogie entre espèces. Conçu pour répondre aux défis des données massives en biologie, il permet d'analyser des protéomes de manière efficace et scalable. Le logiciel est accessible via une plateforme en ligne pour explorer librement de grandes bases de données couvrant les domaines des Archaea, Bactéries et Eucaryotes.

Ce projet propose des composants web pour afficher et interagir avec des données biologiques et des réseaux métaboliques. Il permet de visualiser des informations structurées comme les métabolites, enzymes ou gènes, et facilite l'exploration de données issues de bases de données biologiques ou fournies localement. Les outils intégrés offrent des fonctionnalités de filtrage, de sélection et d'analyse pour soutenir la recherche en bioinformatique.

GPy est un framework open source en Python dédié à la modélisation par processus gaussiens. Il permet aux chercheurs et data scientists de construire, analyser et optimiser des modèles prédictifs pour des données variées. Utilisé dans des domaines comme la biologie, la finance ou l'ingénierie, il facilite l'exploration de relations non linéaires et la prise de décision basée sur des données.

Ce projet automatise le traitement de fichiers génomiques en découpant des séquences FASTA et en exécutant des requêtes BLAST en parallèle. Il permet d'optimiser les analyses génomiques en réduisant le temps de calcul grâce à une parallélisation efficace sur des infrastructures de calcul haute performance comme SLURM. Destiné aux chercheurs et laboratoires en biologie moléculaire, il facilite l'exploration de grandes bases de données génétiques.

Outil de visualisation dynamique de graphes basé sur les forces physiques pour représenter des relations entre entités. Permet d'explorer des réseaux de données complexes avec une interface interactive, facilitant l'identification de structures et de connexions. Idéal pour l'analyse de réseaux sociaux, de données biologiques ou de systèmes informatiques.

Ce projet propose une implémentation et des expériences pour reproduire les résultats d'une étude sur l'élagage efficace de modèles de recherche de caractéristiques top-k basés sur les valeurs SHAP. Il inclut des jeux de données biologiques, des modèles de régression pré-entraînés et des notebooks pour générer des figures et tableaux scientifiques. L'objectif est de faciliter la validation et l'exploration des méthodes proposées dans le rapport associé.