Plateforme publique dédiée à la découverte et à l'exploration de données scientifiques liées aux ressources génétiques végétales, aux collections de plantes et aux informations botaniques. Elle permet aux chercheurs, agronomes et professionnels du secteur agricole d'accéder à des bases de données fédérées, d'effectuer des recherches avancées et de visualiser des informations géolocalisées sur les ressources biologiques.

Ce projet automatise le traitement de fichiers génomiques en découpant des séquences FASTA et en exécutant des requêtes BLAST en parallèle. Il permet d'optimiser les analyses génomiques en réduisant le temps de calcul grâce à une parallélisation efficace sur des infrastructures de calcul haute performance comme SLURM. Destiné aux chercheurs et laboratoires en biologie moléculaire, il facilite l'exploration de grandes bases de données génétiques.

SingR est une application locale dédiée à l'analyse et à la visualisation de données de séquençage ARN simple cellule (scRNA-seq). Elle permet aux chercheurs d'explorer la composition des échantillons cellulaires, d'évaluer la qualité des données, de comparer l'expression génétique entre groupes, et d'identifier des voies biologiques enrichies. L'outil intègre des fonctionnalités de visualisation avancées (UMAP, t-SNE, PCA) et des tests statistiques pour faciliter l'interprétation des résultats biologiques.

MorphoNet est un navigateur web innovant permettant de visualiser et d'interagir avec des ensembles de données morphodynamiques complexes, avec des applications dans la recherche et l'enseignement. MorphoNet offre un large éventail d'interactions pour explorer la structure, la dynamique et la variabilité des formes biologiques et leur lien avec les expressions génétiques. En gérant une large gamme de données morphologiques naturelles ou simulées, il comble une lacune qui a jusqu'à présent limité la compréhension quantitative de la morphodynamique et de ses fondements génétiques en contribuant à la création d'atlas morphologiques toujours plus nombreux.

Phylanim est un outil dédié à l'analyse et à la visualisation de données phylogénétiques. Il permet aux chercheurs et biologistes de modéliser des scénarios évolutifs, comparer des séquences génétiques et générer des arbres évolutifs interactifs. L'application facilite l'exploration des relations entre espèces et la simulation de processus biologiques complexes.

Outil bioinformatique dédié à l'analyse des données de séquençage ARN pour étudier l'épissage alternatif. Il permet d'identifier et de quantifier les variants d'épissage dans différentes conditions biologiques, facilitant ainsi la compréhension des mécanismes de régulation génétique. Utilisé par des chercheurs en biologie moléculaire et génomique pour explorer les liens entre épissage alternatif et maladies, notamment le cancer.

Ce projet propose des outils de visualisation et d'analyse pour les résultats issus de criblages génétiques à grande échelle, notamment les interactions double mutant chez la levure. Il permet aux chercheurs d'explorer et de partager des données biologiques complexes via des interfaces interactives, facilitant ainsi la compréhension des mécanismes génétiques sous-jacents.

Ce projet explore l'intégration de l'intelligence artificielle dans le domaine médical pour améliorer les diagnostics, optimiser les traitements et accélérer la recherche. Il couvre des applications comme l'analyse automatisée d'images médicales (radiographies, IRM), l'assistance aux chirurgiens via des robots, et la personnalisation des soins en fonction des données génétiques ou des antécédents des patients. L'objectif est de rendre la médecine plus précise, rapide et adaptée aux besoins individuels.

HLAfix est un outil dédié à l'exploration fonctionnelle et immunogénomique des gènes HLA. Il permet aux chercheurs et cliniciens d'analyser les données génomiques liées aux antigènes leucocytaires humains pour mieux comprendre les mécanismes immunitaires, identifier des marqueurs génétiques ou étudier des associations avec des maladies auto-immunes ou infectieuses.

PanGeTools est une boîte à outils conteneurisée dédiée à l'analyse et au traitement des pangenomes. Il regroupe plusieurs logiciels spécialisés pour manipuler, visualiser et comparer des données génomiques complexes. Utilisé principalement par les chercheurs en bioinformatique, il facilite l'exploration des variations génétiques et l'optimisation des structures génomiques à grande échelle.