ExploreMetabar est une application interactive en R Shiny conçue pour analyser et explorer des données de métabarcoding (16S, ITS) issues de séquençage génomique. Elle permet aux chercheurs et biologistes de filtrer, normaliser et visualiser des données de microbiome à travers des modules dédiés à la composition taxonomique, la diversité alpha et bêta, les analyses différentielles et les statistiques multivariées. Les résultats sont exportables sous forme de tableaux, graphiques ou objets R pour une analyse approfondie.

Plateforme dédiée à l'analyse et à la visualisation de données génomiques et biologiques. Elle permet aux chercheurs de collaborer, d'explorer des réseaux d'opérons et de protéines, et de publier leurs résultats sous forme de visualisations interactives. Intégrée à des outils bioinformatiques, elle facilite la compréhension des interactions moléculaires et la génération de rapports scientifiques.

Application de bureau dédiée à l'analyse de données de cellules uniques, permettant aux chercheurs et biologistes de traiter, visualiser et interpréter des résultats expérimentaux complexes. L'outil facilite l'exploration de données génomiques et biomédicales pour accélérer les découvertes scientifiques dans des domaines comme la génomique ou la biologie cellulaire.

Ce projet automatise le traitement de fichiers génomiques en découpant des séquences FASTA et en exécutant des requêtes BLAST en parallèle. Il permet d'optimiser les analyses génomiques en réduisant le temps de calcul grâce à une parallélisation efficace sur des infrastructures de calcul haute performance comme SLURM. Destiné aux chercheurs et laboratoires en biologie moléculaire, il facilite l'exploration de grandes bases de données génétiques.

Application dédiée à l'analyse et à la visualisation de données génomiques. Elle permet aux utilisateurs d'explorer des pics sur des graphiques, de modifier interactivement les visualisations et de comparer des régions génomiques. Les données sont stockées et traitées en format HDF5, offrant une gestion efficace des informations génomiques.

Ce projet vise à organiser des hackathons dédiés à l'analyse des pangenomes, favorisant la collaboration entre chercheurs et développeurs. Il propose des ressources documentaires et des outils pour faciliter l'exploration des données génomiques. L'objectif est de stimuler l'innovation dans le domaine de la bioinformatique en mettant à disposition des contenus pédagogiques et des environnements de travail partagés.

Thaliadb est une plateforme dédiée à la gestion, l'analyse et la visualisation de données de recherche en biologie, en particulier dans le domaine de la génomique. Elle offre des fonctionnalités avancées pour l'exploration et l'interprétation des données, ainsi que des outils de collaboration pour faciliter le travail en équipe.

Ce projet propose une suite de notebooks Jupyter dédiés à l'analyse et la visualisation de données génomiques 3D issues de fichiers Hi-C. Il permet aux chercheurs en biologie moléculaire d'explorer les interactions chromosomiques et de générer des visualisations pour leurs études. Les outils sont conçus pour être utilisés dans un cadre académique ou institutionnel, facilitant la collaboration et l'interprétation des données.

Plateforme dédiée à la formation et à l'analyse de données de séquençage ADN. Elle permet aux utilisateurs d'apprendre et de manipuler des outils bioinformatiques via une interface accessible basée sur Galaxy, facilitant ainsi l'exploration des données génomiques.

Outil dédié à la visualisation et à l'analyse interactive de données génomiques directement dans un environnement Jupyter Notebook. Permet de superposer des annotations génomiques (comme des fichiers GFF) avec des séquences ADN (fichiers FASTA) pour créer des graphiques personnalisés et faciliter l'exploration des génomes.