Outil dédié à l'extraction et à la conversion de données protéiques issues de fichiers XML au format Uniprot. Il permet de générer des fichiers FASTA à partir de listes d'IDs d'accession ou d'extraire des séquences XML depuis des fichiers FASTA. Compatible avec les systèmes d'exploitation courants, il facilite le traitement et l'analyse de données biologiques pour les chercheurs et les laboratoires.

Outil dédié à l'extraction et à l'analyse de données génomiques à partir de fichiers VCF. Il permet aux chercheurs et biologistes de traiter des données génétiques pour identifier des variants, des mutations ou des annotations spécifiques. Facilite la manipulation de grands jeux de données génomiques pour des études scientifiques ou médicales.

Outil dédié à l'extraction et à l'analyse de données biologiques issues de sources variées comme GBIF ou TaxRef. Il permet de scraper des occurrences d'espèces, de gérer des médias associés et de générer des visualisations dynamiques. Idéal pour les chercheurs ou institutions souhaitant exploiter des données taxonomiques pour des études environnementales ou scientifiques.

Extension dédiée à la création, l'édition et l'analyse de régions d'intérêt (ROI) en trois dimensions pour l'imagerie biologique. Elle permet aux chercheurs de manipuler des maillages polygonaux (surfaces) et polyédriques (volumes) pour segmenter, analyser et visualiser des structures biologiques complexes dans des images 3D. Intégrée à la plateforme Icy, elle facilite l'extraction de masques binaires et l'export de données pour des analyses quantitatives avancées.

Outil spécialisé dans la manipulation et l'édition de masques binaires appliqués à des images biologiques ou médicales. Il permet aux chercheurs et biologistes de segmenter, modifier et analyser des régions d'intérêt dans des images, facilitant ainsi l'extraction de données quantitatives pour des études scientifiques. Intégré à la plateforme Icy, il s'adresse principalement aux utilisateurs travaillant dans le domaine de l'imagerie cellulaire ou moléculaire.

Cantharella est une plateforme dédiée à la gestion et à l'analyse de données scientifiques liées à la recherche sur les molécules naturelles. Elle permet aux chercheurs de suivre les campagnes d'extraction, de purifier des produits, de documenter des spécimens biologiques et de collaborer sur des protocoles expérimentaux. L'outil centralise les informations pour faciliter la traçabilité et l'analyse des résultats.

Metabase est une plateforme dédiée à la gestion et à l'analyse de données issues de manipulations de laboratoire, notamment en biologie moléculaire et en séquençage génétique. Elle permet aux chercheurs de centraliser, organiser et visualiser des informations complexes comme les échantillons, les extractions, les amplifications et les résultats de séquençage. L'outil facilite le suivi des expériences, la collaboration entre équipes et la génération de rapports détaillés pour des analyses scientifiques approfondies.

Bibliothèque Python dédiée à l'analyse des trajectoires cellulaires issues de méristèmes apicaux caulinaires (SAM). Permet aux chercheurs en biologie végétale d'étudier la dynamique de croissance des cellules pour mieux comprendre les mécanismes de développement des plantes. Facilite l'extraction et la visualisation de données complexes à partir d'images de tissus végétaux.

Plugin pour le logiciel Icy dédié à l'analyse d'images biologiques. Il permet de traiter et d'analyser les trajectoires d'objets (comme des cellules ou des particules) dans des séquences d'images microscopiques. L'outil facilite l'extraction de régions d'intérêt (ROI) et l'application de filtres pour affiner les données avant leur analyse quantitative. Utilisé principalement en recherche biomédicale pour étudier les mouvements cellulaires ou moléculaires.

Projet dédié à la segmentation et au suivi automatisé de cellules embryonnaires à partir d'images scientifiques. Il combine des algorithmes avancés pour identifier et analyser les cellules en développement, facilitant ainsi la recherche en biologie cellulaire et en imagerie médicale. Les outils développés permettent une extraction précise des données cellulaires et une visualisation des résultats.