SCALPEL-Extraction est une bibliothèque du framework SCALPEL3, résultant d'un partenariat de recherche entre l'École Polytechnique et la Caisse Nationale d'Assurance Maladie. Elle fournit des extracteurs de concepts permettant de récupérer des événements médicaux et des patients significatifs à partir des données du Système National des Données de Santé (SNDS). Cette bibliothèque est basée sur Apache Spark et lit des données aplaties résultant de l'exécution de SCALPEL-Flattening sur des données SNDS brutes, pour ensuite extraire des `Patients` et des `Events` en trois étapes.

SCALPEL3 est un framework open-source conçu pour extraire des concepts médicaux de manière évolutive, reproductible et facile à partir de grandes bases de données observationales (LODs), avec un focus actuel sur les données du Système National des Données de Santé (SNDS) français. Il est basé sur PySpark et est composé de trois modules : SCALPEL-Flattening pour la dénormalisation des données, SCALPEL-Extraction pour l'extraction de concepts médicaux et SCALPEL-Analysis pour l'analyse de données de cohortes.

Miet est un package R qui fournit un ensemble de fonctions pour spécifier et extraire des data frames ou tibbles prêts pour l'analyse à partir de populations d'images médicales. Il est conçu pour spécifier et extraire des données à partir d'une hiérarchie de dossiers contenant des données d'imagerie médicale et pour analyser ces données en utilisant des formules d'extraction.

Le projet agorha2-talend vise à faciliter la gestion et l'intégration des données médicales au sein des établissements hospitaliers. Il automatise les workflows ETL (Extract, Transform, Load) et permet de gérer efficacement les flux de données hospitalières, garantissant ainsi une meilleure qualité et une plus grande sécurité des données.

Le projet pubmed-utils fournit des scripts utilitaires pour manipuler des fichiers XML PubMed, facilitant ainsi l'extraction et l'analyse de données médicales et de littérature scientifique.

Edspdf-mupdf est une bibliothèque Python qui fournit un composant de traitement de PDF basé sur MuPdf pour EDSPDF, facilitant l'analyse et l'extraction de données à partir de PDF dans des contextes médicaux et de recherche.