Plateforme dédiée à l'analyse et à la visualisation de données génomiques et biologiques. Elle permet aux chercheurs de collaborer, d'explorer des réseaux d'opérons et de protéines, et de publier leurs résultats sous forme de visualisations interactives. Intégrée à des outils bioinformatiques, elle facilite la compréhension des interactions moléculaires et la génération de rapports scientifiques.

Ce projet propose une suite de notebooks Jupyter dédiés à l'analyse et la visualisation de données génomiques 3D issues de fichiers Hi-C. Il permet aux chercheurs en biologie moléculaire d'explorer les interactions chromosomiques et de générer des visualisations pour leurs études. Les outils sont conçus pour être utilisés dans un cadre académique ou institutionnel, facilitant la collaboration et l'interprétation des données.

Ce projet automatise l'indexation et le contrôle qualité des génomes et annotations génétiques. Il génère des index nécessaires aux outils d'analyse en aval, évalue la qualité des assemblages génomiques via des métriques comme la complétude (BUSCO) et la contiguïté (QUAST), et produit des rapports détaillés pour faciliter la comparaison et le suivi des données génomiques. Destiné aux chercheurs et institutions en biologie moléculaire.

PanACoTA est un outil logiciel dédié à la génomique comparative bactérienne à grande échelle. Il permet d'analyser des ensembles de génomes complets ou partiels pour effectuer des contrôles qualité, annoter uniformément les génomes, construire des pangénomes, identifier les génomes core ou persistants, aligner les familles de gènes et inférer des arbres phylogénétiques. Destiné aux chercheurs en microbiologie, il facilite l'étude des relations évolutives et fonctionnelles entre souches bactériennes.

Ce projet automatise le traitement de fichiers génomiques en découpant des séquences FASTA et en exécutant des requêtes BLAST en parallèle. Il permet d'optimiser les analyses génomiques en réduisant le temps de calcul grâce à une parallélisation efficace sur des infrastructures de calcul haute performance comme SLURM. Destiné aux chercheurs et laboratoires en biologie moléculaire, il facilite l'exploration de grandes bases de données génétiques.

Projet dédié à l'analyse de données ATAC-seq, une technique permettant d'étudier l'accessibilité de la chromatine. Il fournit des outils pour traiter et interpréter les séquences génomiques, facilitant ainsi la recherche en biologie moléculaire et en génomique fonctionnelle. Destiné aux chercheurs et laboratoires, il encourage la collaboration et le partage des résultats.

FQreport est un outil en ligne de commande conçu pour analyser des fichiers FASTQ issus du séquençage haut débit. Il calcule et génère des statistiques descriptives essentielles comme le nombre de lectures et de bases, la distribution des longueurs de lectures, la fréquence des nucléotides par position, ainsi que les scores de qualité Phred et leurs quartiles. L'outil permet d'évaluer la qualité des données génomiques et d'identifier d'éventuelles erreurs de séquençage, facilitant ainsi l'interprétation des résultats pour les chercheurs en biologie moléculaire.

Ce projet propose des outils et pipelines pour extraire et ordonner des barcodes à partir de données de lectures liées (linked reads). Il permet de simuler des graphes moléculaires, de transformer des graphes de barcodes en graphes de cliques locales (LCP), et d'évaluer la qualité des chemins reconstruits pour retrouver l'ordre des molécules. Destiné à la recherche en bioinformatique, il facilite l'analyse de séquences génomiques complexes.

GreenPhylDB est une base de données dédiée à la génomique comparative et fonctionnelle des plantes. Elle propose des catalogues de familles de gènes issus de prédictions génomiques couvrant un large spectre de plantes vertes. Les données sont annotées manuellement et analysées via des approches phylogénétiques pour prédire les relations homologues, facilitant ainsi les études évolutives et fonctionnelles visant à identifier des gènes candidats influençant des traits agronomiques chez les cultures.

Outil bioinformatique conçu pour identifier la liaison au sexe dans des données de séquençage haut débit issues de croisements contrôlés. Il permet aux chercheurs d'analyser les données génomiques des parents et de leur descendance afin de détecter des régions génétiques liées au sexe. Ce projet facilite les études en génétique et en biologie évolutive.