Le Bioimaging Desktop est une plateforme dédiée à l'analyse et à la visualisation d'images biologiques et microscopiques. Elle fournit aux chercheurs et scientifiques des outils spécialisés pour manipuler, analyser et interpréter des données d'imagerie issues de divers domaines comme la biologie cellulaire, la pathologie numérique ou la bioinformatique. Intégrée à l'écosystème Biosphère, elle facilite la gestion et le partage de données d'imagerie complexes.

Outil dédié à la gestion et à l'organisation de collections biologiques et de données taxonomiques. Il permet aux chercheurs et institutions de structurer, valider et partager des informations scientifiques tout en facilitant la collaboration et la traçabilité des données.

MetExplore 3 Java est une plateforme dédiée à l'analyse et à l'exploration des réseaux métaboliques. Elle permet aux chercheurs et biologistes de charger, visualiser et analyser des données issues de bases de données biologiques comme KEGG ou ChEBI. L'outil facilite l'intégration de réseaux métaboliques, la comparaison de voies métaboliques et la gestion de collections de données pour des études en métabolomique et biologie des systèmes.

BioPipes est une application dédiée à la bioinformatique qui propose un environnement standardisé pour exécuter des pipelines d'analyse de données biologiques. Elle intègre des outils comme Nextflow, Snakemake et CWLTool, ainsi que des gestionnaires de paquets (Conda/Mamba) configurés avec des canaux spécialisés (R, bioconda, conda-forge). L'application facilite le déploiement et la gestion des outils nécessaires aux chercheurs en biologie, en offrant une solution clé en main pour leurs besoins computationnels.

Fisheye est un système d'information dédié à la gestion et à l'archivage des données de biodiversité marine et écologique des récifs et lagons du Pacifique Sud. Développé par l'IRD, il permet de structurer, stocker et analyser des jeux de données scientifiques sous divers formats adaptables via des modèles personnalisables. Le projet facilite la centralisation et la consultation de relevés biologiques et écologiques pour la recherche.

Le projet biotools est un ensemble de scripts Perl dédiés à l'analyse et la gestion de données biologiques. Il permet d'automatiser des workflows de laboratoire et de faciliter le traitement de données de recherche en biologie.

ROI Tagger est une extension pour le logiciel d'analyse d'images biologiques Icy, développée par l'unité d'analyse d'images biologiques de l'Institut Pasteur. Elle permet aux chercheurs et biologistes de créer et d'appliquer des étiquettes (tags) sur des régions d'intérêt (ROI) dans des images microscopiques. Les tags sont enregistrés directement dans les séquences d'images, assurant une traçabilité et une réutilisation des annotations. L'outil facilite l'organisation et l'analyse des données visuelles en intégrant des fonctionnalités de gestion multi-tags et de compatibilité avec d'autres plugins comme Spot Detector.

Metabase est une plateforme dédiée à la gestion et à l'analyse de données issues de manipulations de laboratoire, notamment en biologie moléculaire et en séquençage génétique. Elle permet aux chercheurs de centraliser, organiser et visualiser des informations complexes comme les échantillons, les extractions, les amplifications et les résultats de séquençage. L'outil facilite le suivi des expériences, la collaboration entre équipes et la génération de rapports détaillés pour des analyses scientifiques approfondies.

Thaliadb est une plateforme dédiée à la gestion, l'analyse et la visualisation de données biologiques et génétiques. Elle permet aux chercheurs et scientifiques de stocker, organiser et exploiter des jeux de données complexes. L'outil facilite la collaboration entre équipes en offrant des fonctionnalités avancées d'analyse et de représentation graphique, tout en assurant la sécurité et l'intégrité des données.

OMERO est une plateforme open source dédiée à la gestion, au partage et à l'analyse d'images scientifiques et biologiques. Elle permet aux chercheurs de stocker, organiser et visualiser des données d'imagerie complexe, facilitant ainsi la collaboration et l'interprétation des résultats dans des domaines comme la biologie cellulaire ou la médecine.