Pipeline automatisé conçu pour reconstruire des données issues de six puces (chips) en un format structuré et exploitable. Utilisé principalement dans le domaine de la recherche biomédicale, il permet de traiter des jeux de données complexes issus d'expériences biologiques, réduisant ainsi le temps et les erreurs liés aux manipulations manuelles. Le projet facilite la reproductibilité et la standardisation des analyses.

Outil bioinformatique conçu pour analyser de grandes quantités de génomes microbiens. Il automatise l'exécution de Growthpred, un logiciel de prédiction du temps de génération minimum et de la température de croissance optimale des micro-organismes. Le pipeline Snakemake génère des fichiers de résultats structurés au format CSV, facilitant l'interprétation des données génomiques pour la recherche en écologie microbienne et métagénomique.

Ce projet est un cours de formation sur les pratiques équitables en bioinformatique. Il est organisé en 7 notebooks Jupyter qui couvrent des sujets tels que les concepts de reproductibilité, l'utilisation de Git pour le partage de code et l'historique de fichiers, l'introduction à Conda, l'utilisation du cluster BiRD, l'introduction aux workflows Snakemake, et la description d'autres outils intéressants pour la reproductibilité.

RNAja est un pipeline écrit en snakemake destiné à l'analyse de données RNAseq, à la réalisation d'une analyse différentielle d'expression et à la génération d'un rapport au format Rmarkdown. Les résultats sont compatibles avec la base de données diffexDB.

Le projet wgs_gatk est un pipeline de traitement de données de séquençage d'ADN en mode paired-end Illumina. Il permet de passer des données brutes au format fastq à un fichier vcf contenant les variations génétiques identifiées, en suivant les bonnes pratiques de GATK. Le pipeline est géré par Snakemake et utilise SLURM pour l'exécution parallélisée des tâches.

Ce projet fournit un support de formation sur l'utilisation du système de contrôle de version GIT. Il comprend des fichiers au format Markdown qui peuvent être convertis pour une publication sur le web. Un aide-mémoire est également disponible au format PDF.

Ce projet propose une formation complète sur le framework Shiny, permettant aux participants d'apprendre à créer des applications web interactives pour la visualisation et l'analyse de données. Il couvre les bases, la construction d'applications de A à Z et les bonnes pratiques de développement. Destiné aux utilisateurs de la plateforme Genotoul Biostat, il vise à renforcer les compétences en analyse de données.

Ce dépôt contient les supports de formation pour apprendre à utiliser Git via RStudio et collaborer sur des projets R avec Gitlab. Il est destiné à remplacer les supports précédemment déployés sur Gitlab Pages.

Ce projet propose une formation complète dédiée à l'outil Git, permettant aux participants d'acquérir les compétences essentielles pour gérer efficacement le versionnement de code. Il couvre les concepts fondamentaux, les commandes de base et avancées, ainsi que les bonnes pratiques pour une collaboration optimale au sein d'équipes de développement. Destiné aux débutants comme aux utilisateurs intermédiaires, il facilite l'adoption de Git dans des environnements professionnels ou éducatifs.

Ce projet propose des ressources et documents de formation dédiés à l'apprentissage de Git, un système de contrôle de version largement utilisé dans le développement logiciel. Il vise à aider les débutants comme les utilisateurs avancés à maîtriser les fonctionnalités essentielles et avancées de cet outil.