Ce projet est une formation pratique sur le text-mining et la reconnaissance d'entités nommées (REN) à partir de textes scientifiques. Les participants apprennent à utiliser AlvisNLP, un outil de composition de workflows en text-mining développé par l'équipe Bibliome de l'unité MaIAGE, pour effectuer une première approche de l'application de text-mining. La formation s'adresse à des chercheurs et ingénieurs en informatique ou en maths-info-stats appliquées ou en bioinformatique.

Ce projet propose une méthodologie structurée pour organiser et dispenser des formations en bioinformatique. Il vise à faciliter la planification, la collaboration et le suivi des sessions de formation, en s'appuyant sur des outils adaptés aux besoins pédagogiques et techniques des participants. Destiné aux enseignants, chercheurs et formateurs, il permet de standardiser les processus de formation et d'améliorer l'efficacité des apprentissages.

Module de formation R destiné aux chercheurs et doctorants participant au Certificat International en Bioinformatique et Génomique (CIBiG). Ce programme intensif couvre l'utilisation des technologies de séquençage et l'analyse de données biologiques, avec un accent sur les outils et méthodes en R. Il s'adresse aux professionnels de la recherche souhaitant approfondir leurs compétences en bioinformatique.

Environnements RStudio et Cytoscape dédiés à des ateliers de formation en bioinformatique (ETBII-2023). Ces outils permettent aux participants d'effectuer des analyses statistiques avancées, de visualiser des données biologiques complexes et d'explorer les réseaux moléculaires. Les ateliers couvrent des thématiques comme l'analyse multivariée, la génomique et l'écologie fonctionnelle.

Ce projet est un cours de formation sur les pratiques équitables en bioinformatique. Il est organisé en 7 notebooks Jupyter qui couvrent des sujets tels que les concepts de reproductibilité, l'utilisation de Git pour le partage de code et l'historique de fichiers, l'introduction à Conda, l'utilisation du cluster BiRD, l'introduction aux workflows Snakemake, et la description d'autres outils intéressants pour la reproductibilité.

Plateforme dédiée à la formation et à l'analyse de données de séquençage ADN. Elle permet aux utilisateurs d'apprendre et de manipuler des outils bioinformatiques via une interface accessible basée sur Galaxy, facilitant ainsi l'exploration des données génomiques.

Orthofinder2JSON-Graph est un outil spécialisé dans la conversion des résultats d'Orthofinder au format JSON, optimisé pour une visualisation sous forme de graphes. Il transforme les données d'orthologie en structures accessibles, facilitant ainsi l'interprétation des relations entre protéines et espèces. Ce projet s'adresse principalement aux chercheurs en bioinformatique et en biologie évolutive souhaitant analyser et visualiser des ensembles de gènes orthologues.

Atelier pratique dédié à la formation des participants sur les méthodes d'assemblage de génomes complets. Les sessions couvrent les principes théoriques, les outils bioinformatiques et les pipelines d'assemblage, depuis le prétraitement des données jusqu'au polishing. Destiné aux chercheurs et étudiants en biologie, cet atelier combine théorie et exercices pratiques pour maîtriser les techniques modernes de génomique.

Ce projet est une plateforme dédiée à la formation et à l'enseignement en bioinformatique et biologie pour des étudiants de niveau universitaire. Il propose des ressources pédagogiques, des exercices pratiques et des outils pour faciliter l'apprentissage des concepts clés en bioinformatique, tout en accompagnant les enseignants dans la gestion des projets étudiants et l'évaluation des compétences acquises.

PanTEannot est un outil bioinformatique conçu pour annoter de manière sérielle les éléments transposables (TE) dans plusieurs assemblages de génomes complets à partir d'une bibliothèque de référence commune. Il se concentre sur les séquences non dégénérées, comme les copies complètes de TE, pour étudier la variabilité récente entre individus. Les fichiers d'annotation générés (au format Gff3) peuvent ensuite être utilisés comme entrée pour d'autres outils d'analyse génomique.