Environnements RStudio et Cytoscape dédiés à des ateliers de formation en bioinformatique (ETBII-2023). Ces outils permettent aux participants d'effectuer des analyses statistiques avancées, de visualiser des données biologiques complexes et d'explorer les réseaux moléculaires. Les ateliers couvrent des thématiques comme l'analyse multivariée, la génomique et l'écologie fonctionnelle.

Événement de formation et de conférences dédié à la bioinformatique et à l'analyse du génome. Organisé en 2019, il propose des cours avancés, des ateliers pratiques et des échanges entre experts pour renforcer les compétences en génomique et en bioinformatique. Destiné aux chercheurs, étudiants et professionnels du domaine.

PanTEannot est un outil bioinformatique conçu pour annoter de manière sérielle les éléments transposables (TE) dans plusieurs assemblages de génomes complets à partir d'une bibliothèque de référence commune. Il se concentre sur les séquences non dégénérées, comme les copies complètes de TE, pour étudier la variabilité récente entre individus. Les fichiers d'annotation générés (au format Gff3) peuvent ensuite être utilisés comme entrée pour d'autres outils d'analyse génomique.

VGH est une plateforme dédiée à la gestion, l'analyse et le partage de données génomiques dans le cadre de la recherche et de l'enseignement en bioinformatique. Elle facilite la formation des utilisateurs et la collaboration entre scientifiques en proposant des outils adaptés à l'exploration et à l'interprétation des génomes.

Le projet BCGA2017 est un programme de formation en bioinformatique et génomique organisé par l'Institut Pasteur. Il propose des cours structurés, des ressources pédagogiques et un suivi collaboratif pour les participants. Destiné aux étudiants et professionnels, il vise à renforcer les compétences en analyse de données génomiques et en bioinformatique.

RepeatPlot est un outil bioinformatique conçu pour analyser et visualiser les répétitions de séquences dans les chromosomes de procaryotes. Il permet de détecter les paires de régions répétées et de générer des figures graphiques en format SVG pour représenter leurs positions et similarités. L'outil facilite l'étude des mécanismes évolutifs et l'identification de motifs génomiques récurrents dans les génomes bactériens.

Atelier pratique dédié à la formation des participants sur les méthodes d'assemblage de génomes complets. Les sessions couvrent les principes théoriques, les outils bioinformatiques et les pipelines d'assemblage, depuis le prétraitement des données jusqu'au polishing. Destiné aux chercheurs et étudiants en biologie, cet atelier combine théorie et exercices pratiques pour maîtriser les techniques modernes de génomique.

Module de formation R destiné aux chercheurs et doctorants participant au Certificat International en Bioinformatique et Génomique (CIBiG). Ce programme intensif couvre l'utilisation des technologies de séquençage et l'analyse de données biologiques, avec un accent sur les outils et méthodes en R. Il s'adresse aux professionnels de la recherche souhaitant approfondir leurs compétences en bioinformatique.

Libbamutils est une bibliothèque logicielle conçue pour faciliter la manipulation et l'analyse des fichiers BAM, un format standard en bioinformatique pour stocker des données de séquençage génomique. Elle propose des utilitaires pour traiter, convertir et optimiser ces fichiers, permettant aux chercheurs et aux laboratoires de gagner du temps dans leurs analyses génomiques. Ce projet s'inscrit dans le domaine de la génomique et de la biologie computationnelle.

Outil en ligne de commande conçu pour analyser des fichiers GFF3 et leurs séquences associées au format FASTA. Il génère des statistiques détaillées sur les annotations génomiques, comme le contenu en GC, les sous-séquences ou les informations de positionnement. Utilisé principalement par des chercheurs en bioinformatique pour évaluer la qualité et les caractéristiques des données génomiques.