Bibliothèque logicielle spécialisée dans la lecture et le traitement d'images issues de microscopes et d'équipements biomédicaux. Elle permet d'importer, d'analyser et de convertir des formats d'images complexes pour des applications en recherche biologique et médicale. Utilisée dans des environnements comme Icy pour faciliter l'interopérabilité entre différents outils d'imagerie.

Extension logicielle conçue pour enrichir les fonctionnalités du logiciel d'analyse d'images biologiques Icy. Elle propose des outils avancés pour le dessin et la gestion des régions d'intérêt (ROI), ainsi que des solutions pour l'importation et la visualisation de fichiers d'images complexes comme ceux au format LOCI. Développée par des membres de l'unité d'analyse d'images biologiques de l'Institut Pasteur, cette extension facilite le traitement et l'analyse des images microscopiques dans un cadre de recherche biomédicale.

Outil dédié à l'analyse automatisée d'images cellulaires pour la formation et la recherche en biologie. Permet de créer des pipelines de traitement d'images pour extraire des données quantitatives à partir d'images de microscopie. Utilisé dans le cadre d'une formation nationale en France.

Outil logiciel spécialisé dans la lecture et l'analyse d'images produites par des microscopes utilisant le format ND2. Il permet aux chercheurs et scientifiques d'accéder facilement aux données d'images multidimensionnelles, de les visualiser et de les manipuler pour des analyses avancées en microscopie.

Outil dédié à la conversion de fichiers de microscopie au format ND2 vers le format Zarr. Permet de transformer des données brutes en un format plus accessible et optimisé pour le stockage et l'analyse. Utilisé principalement dans le domaine de la recherche scientifique et de l'imagerie médicale.

Ce projet propose une formation pratique en analyse d'images biologiques pour les scientifiques du vivant. Il couvre les bases du traitement d'images microscopiques, la segmentation, la normalisation et l'extraction de caractéristiques cellulaires. Les participants apprennent à construire des pipelines d'analyse automatisés et à visualiser les résultats. Les supports pédagogiques incluent des notebooks Jupyter et des jeux de données issus du Human Protein Atlas.

Outil dédié à la conversion, l'analyse et la segmentation de données microscopiques au format ND2. Permet de transformer des images brutes en fichiers TIFF optimisés pour l'analyse scientifique. Offre des fonctionnalités avancées de traitement d'images pour l'étude d'organoïdes et de cellules, ainsi que des outils d'extraction de métriques quantitatives pour la recherche biomédicale.

Outil dédié à la décomposition et à la modélisation de cartes de densité obtenues par cryo-microscopie électronique (EM). Il permet de calculer des modèles de mélange gaussien (GMM) pour représenter des structures macromoléculaires complexes. Le projet utilise une approche par division et conquête pour optimiser les calculs, notamment sur des clusters de calcul haute performance. Les résultats sont convertis dans différents formats pour une intégration facile avec d'autres logiciels d'analyse structurale.

Ce projet est une plateforme de formation en ligne destinée aux développeurs souhaitant approfondir leurs connaissances en matière de frameworks et bibliothèques JavaScript. Il permet de créer des projets web en utilisant Angular et React, en suivant des tutoriels et des exercices pratiques.