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Pertinence
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- Le projet datadump est dédié à l'exportation et au transfert des données RESIF, un système d'acquisition géophysique. Il s'appuie sur un workflow décrit dans le wiki de l'OSUG et permet de gérer les configurations via des variables d'environnement. Le script principal lance 4 jobs en parallèle pour effectuer ses tâches, telles que la sauvegarde de projets Git, la récupération des points de montage SUMMER, et la connexion à une base de données PostgreSQL.
- Le projet job-processor est une application permettant de gérer et d'exécuter des tâches (jobs) de manière planifiée ou non. Il offre des fonctionnalités telles que la création et la gestion de tâches récurrentes via des expressions cron, l'exécution de jobs en série ou en parallèle, et le déclenchement de migrations de base de données.
- StarPU est un système d'exécution pour les architectures multicœurs hétérogènes. Il permet d'optimiser l'exécution de codes parallèles en gérant l'hétérogénéité des architectures et en planifiant les tâches en temps réel. StarPU offre également des fonctionnalités de gestion de la mémoire distribuée.
- Le projet wgs_gatk est un pipeline de traitement de données de séquençage d'ADN en mode paired-end Illumina. Il permet de passer des données brutes au format fastq à un fichier vcf contenant les variations génétiques identifiées, en suivant les bonnes pratiques de GATK. Le pipeline est géré par Snakemake et utilise SLURM pour l'exécution parallélisée des tâches.
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