Ce projet propose une approche bioinformatique pour analyser le phageome intestinal à partir de l'isolement de phages. Il inclut des scripts pour le nettoyage et l'assemblage de lectures, la sélection et la classification de contigs, ainsi que des outils pour comparer des bases de données de phages. Les résultats permettent de générer des matrices de comptage et des figures pour des publications scientifiques.

Slitherine est un outil bioinformatique conçu pour identifier et analyser les différences significatives entre deux matrices de contact génomique. Il permet de comparer des données issues de séquençage haut débit, comme celles obtenues lors d'expériences de conformation chromosomique, afin de mettre en évidence des variations entre conditions biologiques. L'outil génère des rapports détaillés, des visualisations graphiques et des fichiers de résultats exploitables pour la recherche en génomique.

Plateforme dédiée à l'analyse et à la visualisation de données génomiques et biologiques. Elle permet aux chercheurs de collaborer, d'explorer des réseaux d'opérons et de protéines, et de publier leurs résultats sous forme de visualisations interactives. Intégrée à des outils bioinformatiques, elle facilite la compréhension des interactions moléculaires et la génération de rapports scientifiques.

DExTER est un outil bioinformatique conçu pour analyser des séquences génomiques et des données d'expression génique. Il permet d'identifier des régions génomiques pertinentes (k-mers) associées à des conditions biologiques spécifiques. Le logiciel génère des modèles prédictifs pour comprendre les liens entre les séquences et l'expression des gènes, facilitant ainsi la recherche en biologie moléculaire et en génomique fonctionnelle.

GAZODUC est un pipeline bioinformatique développé pour l'analyse de données génomiques, notamment utilisé à l'Institut du Thorax à Nantes. Il permet de traiter des séquences génomiques en utilisant des outils comme Nextflow pour automatiser des workflows complexes. Le projet facilite la gestion de données issues de séquençage haut débit et génère des résultats exploitables pour la recherche médicale et génétique.

Ce projet fournit un workflow automatisé pour préparer des génomes avant l'analyse de données de séquençage haut débit. Il standardise les données génomiques en générant des fichiers de configuration adaptés aux pipelines d'analyse bioinformatique. Le workflow permet d'intégrer des références génomiques spécifiques et de produire des structures de données compatibles avec les outils d'analyse en aval. Il est conçu pour être utilisé dans des environnements de recherche biomédicale, notamment dans des laboratoires spécialisés en génomique.

Ce projet fournit des wrappers pour Snakemake, un outil d'automatisation des workflows bioinformatiques. Il facilite le traitement et l'analyse de données de séquençage haut débit en standardisant les pipelines. Les wrappers permettent d'intégrer facilement des étapes comme le mappage sur un génome, le comptage de lectures ou la génération de statistiques. Le tout est conçu pour être réutilisable et modulaire, améliorant ainsi la reproductibilité et l'efficacité des analyses génomiques.

Nf-ribolace est un pipeline bioinformatique conçu pour analyser les données de profilage ribosomique générées avec la technologie RiboLace. Il permet de traiter des fichiers FASTQ issus de séquençage, d'effectuer des étapes de contrôle qualité, de découpage des séquences, d'alignement sur un génome de référence et de déduplication. Le pipeline produit un rapport de qualité complet pour évaluer la qualité des données à chaque étape du traitement.

RNAsig est un pipeline bioinformatique dédié à l'identification des signatures ARN sur les récepteurs RIG-I-like (RLRs) lors d'infections virales. Basé sur des analyses de séquençage haut débit, il permet de caractériser les ligands ARN spécifiques pour les récepteurs RIG-I, MDA5 et LGP2. L'outil facilite la compréhension des mécanismes de réponse immunitaire innée en comparant des échantillons totaux et enrichis, et génère des visualisations pour interpréter les données de couverture génomique.

NanoComp est un outil bioinformatique conçu pour comparer les résultats de séquençage Oxford Nanopore et les alignements associés. Il permet aux chercheurs d'évaluer les performances de différents pipelines ou jeux de données, facilitant ainsi l'optimisation des analyses génomiques. L'outil génère des rapports visuels et statistiques pour aider à la prise de décision dans les projets de séquençage à haut débit.