Outil en ligne de commande conçu pour appliquer la liste noire ENCODE à des fichiers BED. Il permet de supprimer les régions génomiques problématiques dans les analyses de séquençage haut débit, notamment pour les expériences ChIP-seq. Le script prend en charge plusieurs génomes de référence (hg19, hg38, mm10) et permet l'utilisation de listes noires personnalisées. Il est optimisé pour une intégration dans des pipelines bioinformatiques et offre des fonctionnalités comme la gestion des fichiers compressés ou l'expansion des marges des régions problématiques.

Bibliothèque Node.js permettant de chiffrer et déchiffrer des fichiers en streaming de manière sécurisée. Elle utilise des algorithmes modernes comme AES-256-GCM ou ChaCha20-Poly1305 pour garantir l'intégrité et la confidentialité des données. Idéale pour les applications nécessitant une gestion sécurisée des fichiers sensibles, elle permet une intégration facile via une API simple et des outils en ligne de commande.

Ce projet fournit une image Docker dédiée à l'application SyGAL, un système de gestion administrative et pédagogique développé par l'Université de Caen Normandie. L'image permet de déployer rapidement SyGAL dans un environnement conteneurisé, facilitant ainsi son installation, sa configuration et sa maintenance. Elle est conçue pour être utilisée en ligne de commande, dans des fichiers docker-compose ou pour des tâches ponctuelles comme l'exécution de commandes Composer.

Outil en ligne de commande conçu pour enrichir des fichiers Excel en y intégrant automatiquement les codes INSEE et SIREN des collectivités locales. Il facilite la gestion de données administratives en ajoutant des colonnes manquantes directement depuis un fichier source, sans nécessiter de saisie manuelle.

Ce projet propose une introduction complète aux systèmes Linux et aux environnements Unix. Il couvre l'architecture des systèmes de fichiers, l'utilisation de l'interface en ligne de commande (CLI), la gestion des permissions, l'automatisation via des scripts shell, et les outils avancés pour la surveillance des ressources. Destiné aux débutants comme aux utilisateurs intermédiaires, il facilite l'adoption des bonnes pratiques pour une utilisation efficace et sécurisée des systèmes Linux.

Mini DMI est une solution dédiée à l'upload et à la gestion de jeux de données. Elle permet aux utilisateurs d'uploader des fichiers via une API ou en ligne de commande, tout en associant des métadonnées détaillées pour décrire les données. Le service facilite le stockage sécurisé et structuré des objets dans le cloud, avec une approche flexible pour répondre aux besoins de différents types de données.

EASy-Irods-CoMmanDs (easicmd) est une interface graphique et en ligne de commande conçue pour simplifier l'interaction avec iRODS, un système de gestion de données distribuées. Ce projet permet aux utilisateurs, notamment les débutants, de manipuler facilement des fichiers et dossiers, de gérer les métadonnées, de rechercher des données et de partager des accès sans maîtriser les commandes complexes d'iRODS. Il offre une alternative intuitive aux icommands traditionnels.

ESUP-SyncFSNX est un outil en ligne de commande permettant de synchroniser une arborescence File System (FS) avec une arborescence NuXeo (NX), offrant ainsi une gestion simplifiée des fichiers et des autorisations d'accès entre les deux systèmes.

Ce projet propose une série d'exercices pratiques pour initier les élèves de troisième à l'utilisation du shell Linux. Il couvre les bases de la ligne de commande, la gestion des fichiers et des répertoires, ainsi que les commandes essentielles. Les exercices sont conçus pour être progressifs et adaptés à un public débutant, facilitant ainsi l'apprentissage autonome ou encadré par un enseignant.

Le projet FreeBSD Ports est un système de gestion de paquets logiciels permettant d'installer, de compiler et de maintenir des logiciels libres sur les systèmes FreeBSD. Il offre une collection organisée de scripts et de fichiers pour automatiser le processus de compilation et d'installation des applications. Les utilisateurs peuvent rechercher, télécharger et installer des logiciels via une interface en ligne de commande ou une interface web dédiée. Le projet facilite également la contribution communautaire en fournissant des outils et une documentation pour les développeurs.