BioPipes est une application dédiée à la bioinformatique qui propose un environnement standardisé pour exécuter des pipelines d'analyse de données biologiques. Elle intègre des outils comme Nextflow, Snakemake et CWLTool, ainsi que des gestionnaires de paquets (Conda/Mamba) configurés avec des canaux spécialisés (R, bioconda, conda-forge). L'application facilite le déploiement et la gestion des outils nécessaires aux chercheurs en biologie, en offrant une solution clé en main pour leurs besoins computationnels.

GAZODUC est un pipeline bioinformatique développé pour l'analyse de données génomiques, notamment utilisé à l'Institut du Thorax à Nantes. Il permet de traiter des séquences génomiques en utilisant des outils comme Nextflow pour automatiser des workflows complexes. Le projet facilite la gestion de données issues de séquençage haut débit et génère des résultats exploitables pour la recherche médicale et génétique.

Outil dédié à la simplification et à l'analyse des données de séquençage génomique. Il permet de réduire les reads d'un fichier BAM à leur extrémité 5' pour faciliter leur traitement et leur interprétation. Utilisé principalement dans les pipelines d'analyse bioinformatique, il optimise la gestion des données massives issues des technologies de séquençage haut débit.

Outil en ligne de commande conçu pour appliquer la liste noire ENCODE à des fichiers BED. Il permet de supprimer les régions génomiques problématiques dans les analyses de séquençage haut débit, notamment pour les expériences ChIP-seq. Le script prend en charge plusieurs génomes de référence (hg19, hg38, mm10) et permet l'utilisation de listes noires personnalisées. Il est optimisé pour une intégration dans des pipelines bioinformatiques et offre des fonctionnalités comme la gestion des fichiers compressés ou l'expansion des marges des régions problématiques.

Bibliothèque partagée dédiée à la gestion de pipelines et de tâches pour l'analyse d'images biologiques. Elle permet d'automatiser des workflows scientifiques complexes, de suivre la progression des calculs et de gérer les dépendances entre tâches. Intégrée à des logiciels comme Icy, elle facilite la reproductibilité et l'efficacité des analyses bioinformatiques.

Atelier Cluster est un tutoriel pratique visant à enseigner la création de pipelines bioinformatiques automatisés. Il guide les utilisateurs dans la configuration d'environnements conda, la gestion de code source avec git, et l'exécution de workflows sur un gestionnaire de tâches comme SGE. Basé sur des outils standards de la bioinformatique, il permet aux chercheurs et étudiants de maîtriser les bonnes pratiques pour traiter des données scientifiques de manière reproductible et efficace.

Ce projet propose des exemples et des tutoriels pour maîtriser Snakemake, un outil puissant d'automatisation de workflows. Il s'adresse principalement aux chercheurs et développeurs en bioinformatique souhaitant créer des pipelines de traitement de données reproductibles et modulaires. Les cas d'usage incluent l'analyse de données génomiques, la gestion de tâches complexes et l'optimisation des processus scientifiques.

Ce projet fournit un dépôt de code source contenant des modules Snakemake réutilisables et interopérables, permettant l'automatisation de workflows bioinformatiques et la gestion de pipelines de données.

Ce projet fournit un dépôt de code source contenant des modules Snakemake réutilisables et interopérables, permettant l'automatisation de workflows bioinformatiques et la gestion de pipelines de données.

Ce projet propose un tutoriel pour apprendre à utiliser Nextflow, un outil de gestion de workflows pour les analyses bioinformatiques. Il permet aux utilisateurs de comprendre comment créer et exécuter des pipelines de traitement de données biologiques de manière reproductible et scalable.