Pipelet3 est une solution dédiée à la réduction et à l'analyse de données issues d'images astronomiques. Elle permet de construire des graphes de dépendances entre étapes de traitement, de distribuer des tâches à des pools de travailleurs ajustables, et d'alimenter dynamiquement le pipeline avec les données disponibles. Le projet offre également un accès web aux résultats, un suivi des modifications du code de traitement avec recomputation automatique des étapes nécessaires, et une gestion des versions des résultats. Idéal pour les projets scientifiques nécessitant des traitements successifs et complexes sur de grandes quantités de fichiers.

Ce projet pédagogique et technique vise à enseigner l'utilisation du logiciel Singularity pour la création, la gestion et le déploiement de conteneurs logiciels. Il couvre l'installation, la manipulation de conteneurs existants, la construction d'images personnalisées via des recettes, et leur intégration dans des pipelines CI/CD. Destiné aux étudiants et chercheurs, il facilite la reproductibilité des environnements de calcul scientifique.

Bibliothèque partagée dédiée à la gestion de pipelines et de tâches pour l'analyse d'images biologiques. Elle permet d'automatiser des workflows scientifiques complexes, de suivre la progression des calculs et de gérer les dépendances entre tâches. Intégrée à des logiciels comme Icy, elle facilite la reproductibilité et l'efficacité des analyses bioinformatiques.

Ce projet fournit un template de base pour développer des applications web interactives avec R-Shiny. Il facilite le déploiement automatisé via Docker et l'intégration continue pour des applications scientifiques. Le template inclut une structure standardisée avec des fichiers d'interface, de serveur et de configuration globale, ainsi qu'un système de gestion de pipeline pour publier et maintenir les applications.

Atelier Cluster est un tutoriel pratique visant à enseigner la création de pipelines bioinformatiques automatisés. Il guide les utilisateurs dans la configuration d'environnements conda, la gestion de code source avec git, et l'exécution de workflows sur un gestionnaire de tâches comme SGE. Basé sur des outils standards de la bioinformatique, il permet aux chercheurs et étudiants de maîtriser les bonnes pratiques pour traiter des données scientifiques de manière reproductible et efficace.

Plateforme open source dédiée à l'automatisation et à l'orchestration de workflows pour la gestion, le traitement et l'analyse de données océanographiques. Elle permet aux chercheurs et institutions de configurer des pipelines de données complexes, d'automatiser des tâches répétitives et de centraliser les résultats pour des analyses approfondies. Utilisée principalement dans le domaine de la surveillance environnementale marine, elle facilite la collaboration entre équipes scientifiques et améliore l'efficacité des projets de recherche.

Ce projet propose des exemples et des tutoriels pour maîtriser Snakemake, un outil puissant d'automatisation de workflows. Il s'adresse principalement aux chercheurs et développeurs en bioinformatique souhaitant créer des pipelines de traitement de données reproductibles et modulaires. Les cas d'usage incluent l'analyse de données génomiques, la gestion de tâches complexes et l'optimisation des processus scientifiques.

Vortex est une bibliothèque Python conçue pour simplifier l'écriture et l'exécution de tâches dans des pipelines de prévision numérique météorologique. Elle permet d'automatiser des processus complexes en enchaînant des étapes comme la récupération de données, l'exécution de programmes et la mise à disposition des résultats pour les tâches suivantes. Grâce à des abstractions avancées, elle facilite la gestion de programmes distribués et la réutilisation de code, réduisant ainsi la complexité des workflows scientifiques.

Vortex est une bibliothèque Python conçue pour simplifier la création et l'exécution de pipelines de prévision numérique du temps (NWP). Elle permet d'automatiser des tâches complexes en encapsulant l'exécution de programmes, la gestion des données d'entrée/sortie et leur mise à disposition pour les étapes suivantes. Idéale pour les scientifiques et ingénieurs en météorologie, elle réduit la complexité des scripts traditionnels en offrant des abstractions modernes et réutilisables.