REPET-snakemake est une suite logicielle dédiée à l'identification, l'annotation et la classification des éléments transposables (transposons, rétrotransposons) dans les génomes eucaryotes. Elle permet aux chercheurs en génomique de détecter et caractériser les séquences répétées, essentielles pour comprendre l'évolution des génomes et leur impact sur la fonction des gènes. Les pipelines automatisés génèrent des rapports détaillés et des visualisations pour faciliter l'analyse des données génomiques.

Ce projet permet d'identifier les gènes essentiels d'Escherichia coli et les facteurs d'hôte des bactériophages grâce à des criblages CRISPR à l'échelle du génome. Il utilise une bibliothèque d'ARN guides ciblant aléatoirement le génome bactérien et analyse les changements d'abondance des guides par séquençage haut débit. Les résultats sont exploités pour comprendre les mécanismes de résistance aux phages et les fonctions génétiques critiques.

FQreport est un outil en ligne de commande conçu pour analyser des fichiers FASTQ issus du séquençage haut débit. Il calcule et génère des statistiques descriptives essentielles comme le nombre de lectures et de bases, la distribution des longueurs de lectures, la fréquence des nucléotides par position, ainsi que les scores de qualité Phred et leurs quartiles. L'outil permet d'évaluer la qualité des données génomiques et d'identifier d'éventuelles erreurs de séquençage, facilitant ainsi l'interprétation des résultats pour les chercheurs en biologie moléculaire.

Ce projet fournit des outils bioinformatiques pour identifier et analyser les systèmes de restriction-modification (R-M) dans les génomes procaryotes. Il inclut des profils HMM dédiés aux méthyltransférases et endonucléases, ainsi que des scripts pour automatiser la recherche et l'extraction de ces systèmes à partir de fichiers protéomiques. Ces outils sont essentiels pour la génomique comparative et l'étude des mécanismes de défense bactérienne.

Outil permettant d'identifier et de valider automatiquement les formats de fichiers utilisés en bioinformatique et génomique. Il analyse des fichiers comme FASTA, GFF3, BED, VCF ou BAM pour en déterminer la structure, détecter les erreurs et fournir des métadonnées essentielles à leur exploitation. Utilisé par les chercheurs et laboratoires pour garantir l'intégrité et la compatibilité des données avant analyse.

Outil permettant de générer des projets Maven standardisés avec une structure prédéfinie. Il automatise la création de fichiers de configuration comme le pom.xml, en intégrant des identifiants, des connexions Nexus, des plugins de compilation, de tests et des bibliothèques essentielles. Idéal pour uniformiser les projets au sein d'une organisation.

Service dédié à la gestion sécurisée des identifiants des utilisateurs. Permet l'enregistrement des mots de passe, la connexion aux comptes et la réinitialisation des accès en cas d'oubli. Assure la protection des données personnelles et la conformité aux normes de sécurité.

Getwatchan est un outil logiciel conçu pour identifier et analyser les canaux d'eau dans les simulations moléculaires dynamiques explicites. Il permet aux chercheurs en biologie structurale ou en bioinformatique d'isoler et de visualiser les chemins potentiels empruntés par les molécules d'eau au sein de structures protéiques. L'outil génère des fichiers de sortie exploitables pour étudier la dynamique des canaux hydriques, essentiels à la compréhension des mécanismes de transport dans les macromolécules biologiques.