Mummer est un projet dédié à l'analyse de données génomiques, avec une spécialisation dans l'alignement de séquences d'ADN et la détection de variations structurales. Il permet aux chercheurs en génomique de comparer des séquences d'ADN et d'identifier les similitudes et les différences entre elles, ce qui facilite la compréhension de l'évolution des génomes et l'identification de mutations responsables de maladies.

REPET-snakemake est une suite logicielle dédiée à l'identification, l'annotation et la classification des éléments transposables (transposons, rétrotransposons) dans les génomes eucaryotes. Elle permet aux chercheurs en génomique de détecter et caractériser les séquences répétées, essentielles pour comprendre l'évolution des génomes et leur impact sur la fonction des gènes. Les pipelines automatisés génèrent des rapports détaillés et des visualisations pour faciliter l'analyse des données génomiques.

Genometools est un projet dédié à l'analyse de données génomiques. Il permet l'identification de variations génétiques et la recherche de motifs dans des séquences d'ADN, offrant ainsi des fonctionnalités clés pour la recherche en génomique.

RepeatPlot est un outil bioinformatique conçu pour analyser et visualiser les répétitions de séquences dans les chromosomes de procaryotes. Il permet de détecter les paires de régions répétées et de générer des figures graphiques en format SVG pour représenter leurs positions et similarités. L'outil facilite l'étude des mécanismes évolutifs et l'identification de motifs génomiques récurrents dans les génomes bactériens.

Ce projet fournit des outils pour manipuler, nettoyer et convertir des données d'alignement de séquences biologiques. Il permet aux chercheurs en génomique de préparer et d'analyser des données issues de séquençage, facilitant ainsi l'étude des génomes et l'identification de variations génétiques. Les fonctionnalités incluent la correction d'alignements, la vérification de la validité des données et la génération de formats compatibles avec des logiciels d'analyse standard.

Ce projet est un workflow Snakemake dédié à l'analyse phylogénétique de familles de gènes. Il permet de construire des profils HMM (Hidden Markov Models) à partir d'alignements de séquences protéiques, de rechercher ces profils dans des protéomes, et de reconstruire des arbres phylogénétiques pour étudier les relations évolutives entre espèces. Les résultats incluent des alignements multiples, des arbres phylogénétiques et des statistiques associées, facilitant la comparaison des génomes et l'identification de gènes d'intérêt.

Pymultialign est un outil bioinformatique conçu pour extraire et visualiser des séquences spécifiques à partir d'un alignement multiple de protéines ou d'ADN. Il permet de comparer deux séquences alignées côte à côte, facilitant l'identification des résidus correspondants et la compression des informations de similarité sous forme graphique. Idéal pour les chercheurs en biologie moléculaire ou en génomique.

Ce projet permet de construire des pangénomes à partir de séquences génomiques de différentes espèces ou variétés. Il identifie les gènes conservés (core) et variables (accessoires) entre les échantillons analysés. Les résultats incluent des matrices de présence/absence de gènes et des visualisations graphiques pour faciliter l'interprétation des données génomiques complexes.

Outil dédié à l'analyse et au regroupement de séquences biologiques pour faciliter l'identification de motifs, la classification de variants ou l'étude de données génomiques. Il permet aux chercheurs et biologistes de structurer et interpréter des ensembles de données complexes issus de séquences ADN ou protéiques.

Ce projet vise à développer une preuve de concept pour l'analyse et la détection d'unités de transcription (unitigs) dans des séquences génomiques. Il permet d'identifier des motifs récurrents et d'optimiser les pipelines de traitement des données génomiques pour des applications en recherche biomédicale ou en génomique fonctionnelle.