Environnement de recherche virtuel dédié à l'identification et à l'analyse des répétitions et éléments transposables dans les génomes. Ce projet permet aux chercheurs en bioinformatique et génomique de traiter des données génomiques complexes pour découvrir des motifs répétitifs et mieux comprendre la structure des génomes. Il s'appuie sur des outils spécialisés et des bases de données publiques pour offrir une solution collaborative et accessible.

RepeatPlot est un outil bioinformatique conçu pour analyser et visualiser les répétitions de séquences dans les chromosomes de procaryotes. Il permet de détecter les paires de régions répétées et de générer des figures graphiques en format SVG pour représenter leurs positions et similarités. L'outil facilite l'étude des mécanismes évolutifs et l'identification de motifs génomiques récurrents dans les génomes bactériens.

FRUB est un outil en ligne de commande conçu pour identifier et analyser les régions répétées au sein de séquences génomiques, notamment dans les génomes de bactériophages. Il permet de détecter des séquences similaires en utilisant des algorithmes de comparaison de séquences comme BLAST, facilitant ainsi l'étude des structures génomiques répétitives et leur annotation fonctionnelle.

PhageTermVirome est un logiciel dédié à l'analyse des génomes de phages et des viromes. Il permet de déterminer les terminaisons génomiques et les modes d'encapsidation des phages à partir de données de séquençage. L'outil calcule des valeurs de couverture pour identifier les terminaisons cohésives, les répétitions terminales directes ou les modes d'encapsidation de type Mu. Il génère des rapports détaillés et des tableaux statistiques pour faciliter l'interprétation des résultats.

Ce projet vise à analyser la conformation 3D du génome d'une levure modifiée par insertion d'une séquence répétitive de 20 kb. L'objectif est de cartographier les interactions entre cette insertion et le reste du génome à l'aide de données HiC. Les résultats permettent de comprendre l'impact de cette modification sur l'organisation spatiale des chromosomes et d'identifier des zones de contact préférentielles avec des régions génomiques spécifiques.

D-GENIES est un outil open source permettant de comparer de grands jeux de séquences génomiques via des dot plots interactifs. Il génère des visualisations synthétiques pour identifier les répétitions, les ruptures et les inversions dans les génomes. L'application permet de trier les séquences, zoomer sur les graphiques et exporter des fichiers d'alignement ou de séquences au format image ou texte.