BMGE (Block Mapping and Gathering with Entropy) est un programme en ligne de commande écrit en Java qui sélectionne des régions dans une multiple séquence alignment adaptées à l'inférence phylogénétique. Il offre des options simplifiées et des valeurs par défaut modifiées pour prévenir une dégradation excessive du signal phylogénétique global.

Coala est un outil d'inférence phylogénétique permettant l'analyse de données évolutives et la simulation de scénarios d'évolution. Il offre des fonctionnalités avancées pour la visualisation de données phylogénétiques et la détection d'événements évolutifs tels que les co-spécications, les duplications, les pertes et les transferts horizontaux.

Le package SAM2MSA est un ensemble d'outils en ligne de commande écrits en Java pour construire des alignements multiples (MSA) à partir de lectures alignées au format SAM. Les outils SAM2MSA sont spécifiquement conçus pour faciliter la construction rapide de MSA adaptées à l'inférence phylogénétique.