Le Bioimaging Desktop est une plateforme dédiée à l'analyse et à la visualisation d'images biologiques et microscopiques. Elle fournit aux chercheurs et scientifiques des outils spécialisés pour manipuler, analyser et interpréter des données d'imagerie issues de divers domaines comme la biologie cellulaire, la pathologie numérique ou la bioinformatique. Intégrée à l'écosystème Biosphère, elle facilite la gestion et le partage de données d'imagerie complexes.

Plugin pour le logiciel Icy permettant de contrôler des microscopes et dispositifs microscopiques via le framework Micro-Manager. Il facilite l'acquisition d'images en temps réel, l'analyse bioimage et l'intégration des équipements de microscopie dans un environnement d'analyse d'images open source. Destiné aux chercheurs et biologistes pour automatiser et optimiser leurs workflows d'imagerie.

Ce plugin permet d'intégrer les fonctionnalités de Micro-Manager, un logiciel dédié à l'acquisition d'images microscopiques, au sein de l'environnement Icy. Il facilite l'automatisation des protocoles d'imagerie biologique en offrant des blocs de traitement modulaires. Destiné aux chercheurs et biologistes, il simplifie la gestion des configurations de microscopes et l'analyse d'images, tout en s'appuyant sur des outils open source pour une recherche reproductible.

Outil de segmentation de textures intégré au logiciel Icy, dédié à l'analyse d'images biologiques. Ce plugin permet aux chercheurs en imagerie médicale de segmenter automatiquement des régions d'intérêt dans des images microscopiques en utilisant des descripteurs de texture avancés. Il facilite l'identification de motifs visuels complexes pour des applications en biologie cellulaire et en pathologie numérique. L'outil est particulièrement utile pour les études nécessitant une analyse semi-supervisée des textures.

Ce projet fournit un support prêt à l'emploi pour réaliser des expériences de spectroscopie temporelle dans le cadre de la microscopie à balayage. Il permet d'intégrer un paramètre variable (comme un délai temporel) lors de l'acquisition d'images 3D, en synchronisant des signaux RF avec le temps d'intégration de chaque pixel. L'interface utilisateur simplifiée facilite la configuration et l'acquisition des données, tandis que des outils de traitement (comme la transformée de Fourier) permettent une analyse en temps réel.

Ce projet propose une approche bayésienne pour intégrer des données de cryo-microscopie électronique (cryo-EM) dans des simulations de dynamique moléculaire (MD). Il fournit des outils et tutoriels pour affiner des structures biologiques, notamment des protéines, en combinant des données expérimentales avec des simulations computationnelles. L'objectif est d'améliorer la précision des modèles structuraux et de faciliter leur validation.

ROI Tagger est une extension pour le logiciel d'analyse d'images biologiques Icy, développée par l'unité d'analyse d'images biologiques de l'Institut Pasteur. Elle permet aux chercheurs et biologistes de créer et d'appliquer des étiquettes (tags) sur des régions d'intérêt (ROI) dans des images microscopiques. Les tags sont enregistrés directement dans les séquences d'images, assurant une traçabilité et une réutilisation des annotations. L'outil facilite l'organisation et l'analyse des données visuelles en intégrant des fonctionnalités de gestion multi-tags et de compatibilité avec d'autres plugins comme Spot Detector.

DeProj est un outil d'analyse d'images microscopiques conçu pour corriger les distorsions géométriques induites par la projection 2D de tissus épithéliaux ou cellulaires. Il permet de mesurer avec précision les propriétés morphologiques des cellules (aire, périmètre, orientation, etc.) en tenant compte de la topographie réelle du tissu, évitant ainsi les erreurs liées à une projection plane classique. Utilisé principalement en biologie cellulaire et en imagerie médicale, il s'intègre dans des workflows d'analyse d'images 3D pour fournir des métriques fiables et exploitables.

OMERO est une plateforme open source dédiée à la gestion, au partage et à l'analyse d'images scientifiques, notamment issues de la microscopie. Elle permet aux chercheurs de stocker, organiser et collaborer sur des données d'imagerie tout en assurant une intégration avec des outils d'analyse avancée. Utilisée dans le domaine biomédical, elle facilite la reproductibilité et la diffusion des résultats de recherche.

Outil dédié à la décomposition et à la modélisation de cartes de densité obtenues par cryo-microscopie électronique (EM). Il permet de calculer des modèles de mélange gaussien (GMM) pour représenter des structures macromoléculaires complexes. Le projet utilise une approche par division et conquête pour optimiser les calculs, notamment sur des clusters de calcul haute performance. Les résultats sont convertis dans différents formats pour une intégration facile avec d'autres logiciels d'analyse structurale.