Le Bioimaging Desktop est une plateforme dédiée à l'analyse et à la visualisation d'images biologiques et microscopiques. Elle fournit aux chercheurs et scientifiques des outils spécialisés pour manipuler, analyser et interpréter des données d'imagerie issues de divers domaines comme la biologie cellulaire, la pathologie numérique ou la bioinformatique. Intégrée à l'écosystème Biosphère, elle facilite la gestion et le partage de données d'imagerie complexes.

Ce service propose un serveur RStudio accessible via navigateur web, dédié à l'analyse bioinformatique et au calcul statistique. Il permet aux utilisateurs de déployer leur propre instance R avec des packages standards et des outils de visualisation intégrés. L'environnement est personnalisable via des fichiers de configuration ou des dépôts Git, et peut être adapté pour des besoins spécifiques en bioinformatique ou en intelligence artificielle.

Extension logicielle dédiée à l'analyse d'images biologiques, intégrée à la plateforme Icy. Elle permet de calculer des enveloppes convexes pour des ensembles de points en deux ou trois dimensions. Utilisée principalement en imagerie médicale et en bioinformatique, elle facilite la modélisation géométrique et l'analyse de structures biologiques complexes. Développée par l'unité d'analyse d'images biologiques de l'Institut Pasteur, elle s'intègre comme un outil complémentaire pour les chercheurs et biologistes.

Projet dédié à l'analyse et à la modélisation des réseaux écologiques marins, notamment les interactions microbiennes. Il combine des outils de bioinformatique pour construire et valider des réseaux de co-occurrence à partir de données métagénomiques. Le package intègre des méthodes avancées comme FlashWeave pour identifier des relations entre espèces et un module de validation via la base de données Globi. Destiné aux chercheurs en écologie microbienne et biologie marine.

Ce projet fournit un workflow automatisé pour préparer des génomes avant l'analyse de données de séquençage haut débit. Il standardise les données génomiques en générant des fichiers de configuration adaptés aux pipelines d'analyse bioinformatique. Le workflow permet d'intégrer des références génomiques spécifiques et de produire des structures de données compatibles avec les outils d'analyse en aval. Il est conçu pour être utilisé dans des environnements de recherche biomédicale, notamment dans des laboratoires spécialisés en génomique.

BioPipes est une application dédiée à la bioinformatique qui propose un environnement standardisé pour exécuter des pipelines d'analyse de données biologiques. Elle intègre des outils comme Nextflow, Snakemake et CWLTool, ainsi que des gestionnaires de paquets (Conda/Mamba) configurés avec des canaux spécialisés (R, bioconda, conda-forge). L'application facilite le déploiement et la gestion des outils nécessaires aux chercheurs en biologie, en offrant une solution clé en main pour leurs besoins computationnels.

GFAffix est un outil bioinformatique conçu pour identifier et réduire les affixes partagés préservant les parcours dans les graphes de variation. Il optimise les données génomiques en supprimant les redondances tout en conservant l'intégrité des informations. Utilisé dans le domaine de la génomique comparative, il facilite l'analyse des séquences et améliore l'efficacité des pipelines bioinformatiques. Développé dans un cadre académique, il s'intègre aux workflows de recherche en génomique.

Outil permettant d'identifier et de valider automatiquement les formats de fichiers utilisés en bioinformatique et génomique. Il analyse des fichiers comme FASTA, GFF3, BED, VCF ou BAM pour en déterminer la structure, détecter les erreurs et fournir des métadonnées essentielles à leur exploitation. Utilisé par les chercheurs et laboratoires pour garantir l'intégrité et la compatibilité des données avant analyse.

WAVES-core est une application web dédiée à l'intégration et à la publication d'outils bioinformatiques en ligne. Elle permet aux chercheurs et scientifiques de présenter, publier et donner accès à leurs services bioinformatiques via une interface web conviviale. L'application facilite la gestion des accès utilisateurs, l'exécution des outils sur différentes plateformes (Galaxy, clusters DRMAA, scripts directs, etc.) et l'interaction avec des API REST distantes.

Outil en ligne de commande conçu pour appliquer la liste noire ENCODE à des fichiers BED. Il permet de supprimer les régions génomiques problématiques dans les analyses de séquençage haut débit, notamment pour les expériences ChIP-seq. Le script prend en charge plusieurs génomes de référence (hg19, hg38, mm10) et permet l'utilisation de listes noires personnalisées. Il est optimisé pour une intégration dans des pipelines bioinformatiques et offre des fonctionnalités comme la gestion des fichiers compressés ou l'expansion des marges des régions problématiques.