Ce projet vise à intégrer des jeux de données de biologie végétale et des outils d'évaluation dans PubAnnotation, une plateforme d'annotation de texte. Cela permettra une analyse plus poussée des données et une évaluation de leur qualité, facilitant ainsi la recherche dans le domaine de la biologie végétale.

Le Bioimaging Desktop est une plateforme dédiée à l'analyse et à la visualisation d'images biologiques et microscopiques. Elle fournit aux chercheurs et scientifiques des outils spécialisés pour manipuler, analyser et interpréter des données d'imagerie issues de divers domaines comme la biologie cellulaire, la pathologie numérique ou la bioinformatique. Intégrée à l'écosystème Biosphère, elle facilite la gestion et le partage de données d'imagerie complexes.

JavaCL for Icy est un plugin dédié à l'analyse d'images biologiques, développé pour la plateforme Icy. Il permet d'exploiter les capacités de calcul des GPU via OpenCL directement depuis Icy, améliorant ainsi les performances des algorithmes de traitement d'images. Ce plugin est particulièrement utile pour les chercheurs en biologie qui ont besoin de traiter rapidement de grandes quantités d'images, comme des séquences de microscopie ou des jeux de données volumineux. Il s'intègre parfaitement dans l'écosystème Icy, un logiciel open source largement utilisé en bioimagerie.

Orthoviewer est un plugin open source intégré au logiciel Icy, dédié à la visualisation et à l'analyse de données 3D en imagerie biologique. Il permet aux chercheurs et scientifiques d'explorer simultanément des données en trois orientations (XY, YZ, XZ) pour une analyse précise et détaillée. Développé par l'unité d'analyse d'images biologiques de l'Institut Pasteur, ce outil facilite la compréhension des structures cellulaires et moléculaires, soutenant ainsi la recherche fondamentale et appliquée en biologie.

Extension logicielle dédiée à l'analyse d'images biologiques, permettant de visualiser des données multicanaux sous forme de montage. Chaque canal est affiché séparément avec une option de fusion en couleur pour faciliter la création de figures destinées à la communication scientifique ou à l'analyse visuelle. Intégré à Icy, un logiciel open source de bio-imagerie développé à l'Institut Pasteur, il s'adresse aux chercheurs et biologistes pour optimiser leur workflow d'analyse d'images.

MetExplore 3 Java est une plateforme dédiée à l'analyse et à l'exploration des réseaux métaboliques. Elle permet aux chercheurs et biologistes de charger, visualiser et analyser des données issues de bases de données biologiques comme KEGG ou ChEBI. L'outil facilite l'intégration de réseaux métaboliques, la comparaison de voies métaboliques et la gestion de collections de données pour des études en métabolomique et biologie des systèmes.

Application dédiée à la visualisation et à l'analyse de cartes de densité électronique issues de fichiers PDB et MTZ. Elle permet aux chercheurs et scientifiques d'explorer des données structurales biologiques, notamment dans le cadre de la recherche en biologie moléculaire et en cristallographie. Intégrée au Data Portal, elle facilite l'interprétation des structures moléculaires pour des études avancées.

ROI Tagger est une extension pour le logiciel d'analyse d'images biologiques Icy, développée par l'unité d'analyse d'images biologiques de l'Institut Pasteur. Elle permet aux chercheurs et biologistes de créer et d'appliquer des étiquettes (tags) sur des régions d'intérêt (ROI) dans des images microscopiques. Les tags sont enregistrés directement dans les séquences d'images, assurant une traçabilité et une réutilisation des annotations. L'outil facilite l'organisation et l'analyse des données visuelles en intégrant des fonctionnalités de gestion multi-tags et de compatibilité avec d'autres plugins comme Spot Detector.

Extension dédiée à la création, la manipulation et l'analyse de régions d'intérêt (ROI) en 3D pour l'imagerie biologique. Elle permet aux chercheurs et biologistes de définir des zones spécifiques sur des maillages polygonaux ou polyédriques, d'extraire des masques binaires, et de visualiser des données médicales complexes. Intégrée à Icy, elle facilite l'analyse quantitative et qualitative des images 3D dans un contexte de recherche biomédicale.

Projet dédié à la gestion, au stockage et à l'analyse de données biologiques et scientifiques via des outils comme OMERO et iRods. Il permet aux laboratoires et équipes de recherche de déployer des infrastructures sécurisées pour héberger, organiser et partager leurs données tout en garantissant leur intégrité et leur accessibilité. Le projet inclut également des mécanismes d'authentification avancés et des solutions de sauvegarde automatisée.