Ce projet automatise la récupération, la transformation et l'intégration de données biochimiques issues de bases de données spécialisées (comme KEGG ou BRENDA). Il permet de convertir des fichiers de données métaboliques, enzymatiques ou réactionnelles entre différents formats (ODS, TXT, SBML) et d'enrichir des modèles de voies métaboliques avec des informations thermodynamiques et cinétiques. Les outils développés facilitent l'analyse des réactions biochimiques et l'étude des enzymes pour la recherche en biologie systémique.

InSillyClo est un outil web dédié à l'automatisation des workflows de clonage génétique, notamment Golden-Gate et MoClo. Il permet aux chercheurs de concevoir plusieurs plasmides simultanément, de récupérer automatiquement les séquences plasmidiques et de simuler les étapes de digestion enzymatique et de PCR. Le service génère également des données de campagne de clonage et facilite l'intégration avec des outils de laboratoire automatisés.

Ce projet permet d'analyser et modéliser les flux métaboliques dans le cerveau humain en intégrant des données d'expression génique. Il combine des scripts Python pour effectuer des analyses de balance des flux (FBA) et calculer des fold-changes pour les réactions enzymatiques contrôlées par des gènes. Les outils développés facilitent la compréhension des mécanismes métaboliques cérébraux et leur lien avec l'expression génique.

Ce projet permet d'intégrer des données sur la biodiversité dans la base de données GeoNature. Il gère la correspondance des colonnes, le traitement des sites, des observateurs et des noms d'espèce, en veillant à la correspondance des codes et à la gestion des cas de figure particuliers.