Outil spécialisé dans le démultiplexage de données génomiques au format FASTQ, utilisant des barcodes intégrés et des qualités de séquences pour attribuer chaque lecture à un échantillon avec une haute précision. Il prend en compte les erreurs de séquençage et les probabilités pour maximiser la fiabilité des résultats, idéal pour les analyses de séquençage haut débit.

Plateforme dédiée à l'analyse et à la visualisation de données génomiques et biologiques. Elle permet aux chercheurs de collaborer, d'explorer des réseaux d'opérons et de protéines, et de publier leurs résultats sous forme de visualisations interactives. Intégrée à des outils bioinformatiques, elle facilite la compréhension des interactions moléculaires et la génération de rapports scientifiques.

Ce projet fournit un workflow automatisé pour préparer des génomes avant l'analyse de données de séquençage haut débit. Il standardise les données génomiques en générant des fichiers de configuration adaptés aux pipelines d'analyse bioinformatique. Le workflow permet d'intégrer des références génomiques spécifiques et de produire des structures de données compatibles avec les outils d'analyse en aval. Il est conçu pour être utilisé dans des environnements de recherche biomédicale, notamment dans des laboratoires spécialisés en génomique.

Deeptools est un outil permettant l'analyse et la visualisation de données génomiques. Il permet la détection de régions fonctionnelles dans le génome et l'intégration de données épigénomiques.

Projet dédié à la traduction et au regroupement de séquences nucléiques de la base de données RVDB. Il permet d'analyser et de structurer des données génomiques virales pour faciliter la recherche en virologie. Les outils développés automatisent des pipelines complexes pour traiter des versions successives de la base RVDB, en intégrant des métadonnées et des références taxonomiques.

Ce projet fournit des outils et workflows automatisés pour l'analyse de données de séquençage haut débit, principalement appliqués à l'organisme modèle *Caenorhabditis elegans*. Il facilite le traitement, l'annotation et l'interprétation de données génomiques et transcriptomiques, en intégrant des pipelines reproductibles et des configurations adaptables pour des environnements variés, y compris les clusters de calcul.

GFAffix est un outil bioinformatique conçu pour identifier et réduire les affixes partagés préservant les parcours dans les graphes de variation. Il optimise les données génomiques en supprimant les redondances tout en conservant l'intégrité des informations. Utilisé dans le domaine de la génomique comparative, il facilite l'analyse des séquences et améliore l'efficacité des pipelines bioinformatiques. Développé dans un cadre académique, il s'intègre aux workflows de recherche en génomique.

Outil permettant d'identifier et de valider automatiquement les formats de fichiers utilisés en bioinformatique et génomique. Il analyse des fichiers comme FASTA, GFF3, BED, VCF ou BAM pour en déterminer la structure, détecter les erreurs et fournir des métadonnées essentielles à leur exploitation. Utilisé par les chercheurs et laboratoires pour garantir l'intégrité et la compatibilité des données avant analyse.

Bibliothèque de fonctions dédiée à la conversion de fichiers structurés (OBO, TSV, etc.) en données au format JSON-Graph. Elle permet de transformer des jeux de données biologiques ou génomiques en graphes pour une visualisation et une analyse simplifiées. Intégrée aux outils de la plateforme codev4graph, elle facilite l'étude des relations entre entités biologiques comme les gènes ou les protéines.

Outil dédié à l'analyse de données de séquençage ARN à cellule unique (scRNA-seq). Permet le traitement primaire et secondaire des données, incluant la détection de doublets cellulaires, l'installation d'environnements bioinformatiques et l'intégration de pipelines d'analyse. Utilisé principalement dans la recherche biomédicale et la génomique.