Ce projet fournit un workflow automatisé pour préparer des génomes avant l'analyse de données de séquençage haut débit. Il standardise les données génomiques en générant des fichiers de configuration adaptés aux pipelines d'analyse bioinformatique. Le workflow permet d'intégrer des références génomiques spécifiques et de produire des structures de données compatibles avec les outils d'analyse en aval. Il est conçu pour être utilisé dans des environnements de recherche biomédicale, notamment dans des laboratoires spécialisés en génomique.

Outil en ligne de commande conçu pour appliquer la liste noire ENCODE à des fichiers BED. Il permet de supprimer les régions génomiques problématiques dans les analyses de séquençage haut débit, notamment pour les expériences ChIP-seq. Le script prend en charge plusieurs génomes de référence (hg19, hg38, mm10) et permet l'utilisation de listes noires personnalisées. Il est optimisé pour une intégration dans des pipelines bioinformatiques et offre des fonctionnalités comme la gestion des fichiers compressés ou l'expansion des marges des régions problématiques.

Projet dédié à la traduction et au regroupement de séquences nucléiques de la base de données RVDB. Il permet d'analyser et de structurer des données génomiques virales pour faciliter la recherche en virologie. Les outils développés automatisent des pipelines complexes pour traiter des versions successives de la base RVDB, en intégrant des métadonnées et des références taxonomiques.

DROP est une pipeline bioinformatique conçue pour détecter des anomalies dans les données d'expression génique à partir de séquences ARN. Elle permet aux chercheurs d'identifier des variations aberrantes dans des échantillons biologiques, facilitant ainsi l'analyse de maladies génétiques ou de mécanismes biologiques. Le projet intègre des jeux de données de référence publics pour valider les résultats et propose des outils pour automatiser et optimiser les workflows d'analyse génomique.