PPIDM est une approche développée par Zia Alborzi pour inférer des interactions entre domaines protéiques à partir de plusieurs sources de PPIs. Les résultats sont validés à l'aide d'un Gold-Standard extrait de bases de données structurales 3D. Les interactions sont catégorisées et comparées avec des jeux de données existants.

FlowVR est une bibliothèque middleware permettant de faciliter le développement et l'exécution d'applications haute performance interactives nécessitant l'exploitation de la puissance de nœuds informatiques distribués en grappe ou en grid. FlowVR a été utilisé pour des applications de réalité virtuelle, de téléprésence, de modélisation 3D en temps réel, de visualisation in situ, de pilotage de simulations moléculaires parallèles, etc. FlowVR réutilise et étend le paradigme de flux de données couramment utilisé dans les environnements de visualisation scientifique. Une application est vue comme un ensemble éventuellement distribué de modules échangeant des données. Différentes assemblées de modules peuvent être spécifiées sans modification ou recompilation des modules. Le développeur d'applications n'a pas à se soucier des problématiques de réseau. C'est le rôle de FlowVR de gérer et d'optimiser les échanges de données entre modules. FlowVR supporte les modules parallèles, permettant d'exploiter des codes MPI existants par exemple. Cette fonctionnalité est couramment utilisée pour la visualisation in situ ou le pilotage de simulations parallèles.

Le projet panda_unity est un package ROS dédié à l'interaction entre des robots et des objets virtuels dans un environnement 3D. Il est composé de trois scripts permettant de publier et de recevoir des données relatives à la position, à la vitesse et aux coordonnées des objets, ainsi que de launchs spécifiques pour la simulation ou le contrôle de robots réels.

Le projet vtk est un wrapper pour la bibliothèque Visualization Toolkit (VTK), qui est un framework open source pour la manipulation et l'affichage de données scientifiques. Il offre des outils avancés pour l'affichage 3D, une suite de widgets pour l'interaction 3D et des capacités étendues de graphiques 2D.