Le Bioimaging Desktop est une plateforme dédiée à l'analyse et à la visualisation d'images biologiques et microscopiques. Elle fournit aux chercheurs et scientifiques des outils spécialisés pour manipuler, analyser et interpréter des données d'imagerie issues de divers domaines comme la biologie cellulaire, la pathologie numérique ou la bioinformatique. Intégrée à l'écosystème Biosphère, elle facilite la gestion et le partage de données d'imagerie complexes.

Outil dédié à l'analyse et au traitement de données biologiques et génomiques. Permet aux chercheurs et biologistes de manipuler des fichiers de séquençage, automatiser des pipelines bioinformatiques et générer des rapports détaillés. Facilite l'interprétation des données génomiques pour des applications en recherche médicale ou agronomique.

Extension dédiée à la création, la manipulation et l'analyse de régions d'intérêt (ROI) en 3D pour l'imagerie biologique. Elle permet aux chercheurs et biologistes de définir des zones spécifiques sur des maillages polygonaux ou polyédriques, d'extraire des masques binaires, et de visualiser des données médicales complexes. Intégrée à Icy, elle facilite l'analyse quantitative et qualitative des images 3D dans un contexte de recherche biomédicale.

ROI blocks est un plugin pour le logiciel d'analyse d'images biologiques Icy, développé par l'unité d'analyse d'images biologiques de l'Institut Pasteur. Il permet aux chercheurs et biologistes de manipuler, analyser et extraire des données à partir de régions d'intérêt (ROI) dans des images microscopiques. Le plugin facilite la création de workflows automatisés pour le traitement d'images, améliorant ainsi l'efficacité et la reproductibilité des analyses bioimage.

Blocks est un plugin pour le logiciel d'analyse d'images biologiques Icy, développé par l'unité d'analyse d'images biologiques de l'Institut Pasteur. Il permet aux chercheurs et développeurs de créer des environnements de programmation visuelle pour concevoir des protocoles d'analyse d'images. Ce plugin facilite l'automatisation et la reproductibilité des analyses bioimages, en offrant des outils pour manipuler et traiter des données d'imagerie scientifique.

LibriboSeq est une bibliothèque logicielle dédiée à l'analyse et au traitement des données issues de la technique Ribo-seq, utilisée pour étudier les interactions entre les ribosomes et l'ARN messager. Elle permet aux chercheurs en biologie moléculaire de manipuler, interpréter et visualiser ces données complexes afin d'en extraire des informations biologiques pertinentes.

ASTERICS est une plateforme open source dédiée à l'analyse statistique et à la visualisation de données biologiques et environnementales. Elle permet aux chercheurs et scientifiques de manipuler, analyser et interpréter des jeux de données complexes grâce à des outils interactifs et des méthodes statistiques avancées. L'application facilite la collaboration en ligne et offre des fonctionnalités pour gérer des projets de recherche, tout en garantissant une accessibilité et une réutilisation des données conformes aux licences ouvertes.

Met4J est une bibliothèque open source en Java dédiée à l'analyse structurale des réseaux métaboliques. Elle permet de manipuler, convertir et analyser des fichiers SBML, KEGG et TSV, tout en offrant des outils pour l'édition de réseaux métaboliques, le calcul de masses moléculaires et l'intégration de données omiques. Développée par la plateforme MetExplore, elle est utilisée en recherche biologique et métabolomique.

Outil open source permettant de visualiser et manipuler des réseaux biologiques sous forme de composants web réutilisables. Destiné aux chercheurs et scientifiques, il facilite la représentation graphique de données biologiques complexes (réseaux trophiques, métaboliques, etc.) en respectant les conventions des communautés scientifiques. Permet une intégration facile dans des sites web existants pour des publications ou présentations.

Biopython est un ensemble d'outils écrits en Python pour la biologie computationnelle. Il permet l'analyse et la manipulation de données biologiques, telles que des séquences d'ADN ou de protéines, et est utilisé dans la recherche en bioinformatique. Le projet fournit également des fonctionnalités pour le développement d'outils dans ce domaine.