Le projet javacard-applet implémente les tokens d'authentification, de mise à jour de firmware et de signature du projet WooKey à l'aide de JavaCard. JavaCard est un écosystème public permettant de développer et distribuer du code sur des éléments sécurisés. Les systèmes JavaCard sont généralement certifiés selon le schéma EAL Common Criteria, ce qui garantit que des tests de sécurité et de pénétration ainsi qu'une revue de code ont été effectués par des ITSEF (Information Technology Security Evaluation Facility) agréés.

L'application Wookey gère la communication avec les cartes à puce en mode DFU (Device Firmware Upgrade) pour assurer les mises à jour firmware de manière sécurisée et efficace.