Outil open source dédié à la modélisation et à la simulation de processus cellulaires complexes. Permet aux chercheurs et scientifiques de simuler des interactions biologiques, d'analyser des données expérimentales et de visualiser les résultats pour accélérer les découvertes en biologie cellulaire et en médecine.

Projet dédié à l'analyse et à la modélisation des exosomes, petites vésicules extracellulaires impliquées dans la communication cellulaire. Il permet d'étudier leur rôle dans divers processus biologiques et pathologiques, notamment pour identifier des biomarqueurs utiles au diagnostic ou à la recherche médicale. Les outils développés facilitent l'interprétation de données complexes issues de la biologie cellulaire.

Dépôt de code source pour les tutoriels Jupyter de l'Institut Pasteur. Il s'agit d'une collection de notebooks Python permettant de découvrir et d'approfondir des concepts de programmation, d'analyser et de visualiser des données, ainsi que de modéliser des données biologiques.

Ce projet scientifique vise à améliorer la compatibilité des greffes en calculant un score basé sur les différences structurales entre les allèles HLA de classe I d'un donneur et d'un receveur. Il modélise les allèles HLA à partir de données biologiques, superpose ces structures pour obtenir un score de différence (rmsd), et propose un outil pour évaluer la pertinence des greffes. Les résultats sont utilisés pour affiner les choix médicaux et augmenter les chances de succès des transplantations.

EVIVALDI est un outil de simulation dédié à l'étude des systèmes microbiens et biologiques. Il permet de modéliser des processus complexes, d'analyser des données expérimentales et de visualiser les résultats de manière interactive. Le projet est particulièrement utile pour les chercheurs et les biologistes souhaitant comprendre et prédire le comportement de systèmes microbiens dans divers environnements.

Phylanim est un outil dédié à l'analyse et à la visualisation de données phylogénétiques. Il permet aux chercheurs et biologistes de modéliser des scénarios évolutifs, comparer des séquences génétiques et générer des arbres évolutifs interactifs. L'application facilite l'exploration des relations entre espèces et la simulation de processus biologiques complexes.

Projet dédié à l'analyse et à la modélisation des réseaux écologiques marins, notamment les interactions microbiennes. Il combine des outils de bioinformatique pour construire et valider des réseaux de co-occurrence à partir de données métagénomiques. Le package intègre des méthodes avancées comme FlashWeave pour identifier des relations entre espèces et un module de validation via la base de données Globi. Destiné aux chercheurs en écologie microbienne et biologie marine.

Projet dédié à la simulation et à l'analyse des mouvements de larves biologiques. Il permet de modéliser des trajectoires, d'optimiser des paramètres mécaniques et de reconstruire en 3D des structures musculaires et cuticulaires. Les outils développés facilitent la visualisation et la correction manuelle des données, ainsi que l'automatisation de simulations sur cluster pour des analyses à grande échelle.

Outil bioinformatique conçu pour identifier des signatures génétiques dans des données de séquençage ARN. Il modélise le problème comme une maximisation multi-modale d'une partition sur un espace booléen multidimensionnel de gènes. Utilisé pour analyser des données transcriptomiques de cellules ou d'échantillons, il permet de détecter des ensembles de gènes différentiellement exprimés, facilitant ainsi la compréhension des mécanismes biologiques sous-jacents.

NyxUI.jl est une interface web dédiée à l'analyse et à la visualisation des données issues de l'activité neuronale et du comportement locomoteur de la larve de drosophile. Elle permet aux chercheurs de modéliser des programmes d'activité musculaire, d'annoter automatiquement des images grâce à des outils d'intelligence artificielle, et d'explorer des jeux de données biologiques. L'interface est accessible publiquement ou en interne selon les besoins.