Le projet ReactionDiffusion est un outil de simulation de réactions chimiques dans des milieux diffusifs. Il permet de modéliser des processus biologiques impliquant des réactions et diffusions, en utilisant une approche par éléments finis.

ToyCTM est un cadre logiciel open source dédié à la modélisation et à la simulation de systèmes chimiques-transport dans un contexte de recherche ou d'enseignement. Il permet d'étudier des cas idéaux, comme l'évolution de polluants atmosphériques ou de réactions chimiques simplifiées, sans prétendre à des prévisions réalistes ou à des analyses de données. Le modèle est modulaire et évolutif, adapté aux besoins des scientifiques et des étudiants.

Ce projet propose un tutoriel pratique pour implémenter la simulation de la réaction chimique de Gray-Scott en utilisant le framework SYCL. Il guide les utilisateurs dans la création d'un programme parallèle capable de modéliser l'évolution de deux substances chimiques sur une grille 2D, en exploitant les capacités de calcul des GPU ou des accélérateurs matériels. Le projet inclut des exemples concrets, des comparaisons de performances et des bonnes pratiques pour optimiser les transferts de données entre hôte et périphérique.

MANA est un outil d'analyse et de modélisation dédié à l'identification assistée des mécanismes d'action métabolique. Il permet de construire des modèles de réseaux métaboliques spécifiques à partir de données d'expression génique, d'identifier les réactions métaboliques différentiellement activées, et d'extraire des sous-réseaux minimaux représentatifs des mécanismes d'action de composés chimiques. L'outil facilite la compréhension des effets métaboliques induits par des expositions chimiques.

Ce projet est une bibliothèque Julia dédiée à la simulation, l'inférence statistique et la vérification de chaînes de Markov à temps continu. Il permet de modéliser des réseaux de réactions chimiques et des réseaux de Petri stochastiques, tout en offrant des méthodes d'approximation bayésienne pour l'analyse de systèmes dynamiques complexes. Les outils implémentés facilitent l'étude des processus stochastiques dans des domaines comme la biologie des systèmes ou la chimie computationnelle.

Librairie C++ dédiée à la gestion des entités chimiques et aux calculs non graphiques pour la modélisation de polymères, les réactions chimiques (clivages, fragmentations) et l'analyse isotopique. Elle fournit des abstractions pour les isotopes, formules, monomères, polymères et réactions, essentielles aux projets MassXpert et MineXpert.

MANA est un outil d'aide à la compréhension du mécanisme d'action métabolique (mMoA) de molécules chimiques. Il permet de modéliser des réseaux métaboliques condition spécifiques, d'identifier les réactions différentiellement activées et d'extraire des sous-réseaux représentatifs du mMoA.

MetNetLib est une bibliothèque permettant la modélisation et l'analyse de réseaux métaboliques. Elle offre des fonctionnalités pour la simulation de réactions chimiques, la gestion de données de métabolomique et l'analyse de données biochimiques.