OpenAlea est une plateforme de développement pour la modélisation et la simulation de systèmes biologiques. Elle propose des outils pour l'analyse de données expérimentales et permet la création de workflows personnalisés.

CADBIOM est un logiciel open source de modélisation permettant de donner un cadre formel à la modélisation de systèmes biologiques tels que les réseaux de signalisation cellulaire. Il est basé sur la sémantique des transitions surveillées et offre une interface graphique pour faciliter la conception et l'analyse de ces modèles.

CADBIOM est un logiciel de modélisation open source qui fournit un cadre formel basé sur la sémantique des transitions surveillées pour aider à la modélisation de systèmes biologiques tels que les réseaux de signalisation cellulaire.

LibSBML est une bibliothèque logicielle permettant de lire, écrire et manipuler des fichiers et des flux de données contenant le Langage de Balisage de Modélisation Systèmes Biologiques (SBML). La bibliothèque prend en charge tous les niveaux et versions de SBML, jusqu'au Niveau 3 Version 1 Core. LibSBML est écrite en ISO standard C++ et C et fournit des API pour les langages C, C++, C#, Java, MATLAB, Octave, Perl, Python, R et Ruby. Elle fonctionne sur Linux, Windows et MacOS X.

Le projet elementaryx est une plateforme dédiée à la simulation et à l'analyse de systèmes complexes, offrant des fonctionnalités avancées de visualisation de données. Il permet aux chercheurs et ingénieurs de modéliser et d'étudier des phénomènes complexes dans divers domaines tels que la physique, la biologie, l'ingénierie et les sciences sociales.

Le projet Bidomain est une bibliothèque logicielle permettant la modélisation et la simulation de systèmes bi-domaines, avec une spécialisation dans l'électrophysiologie. Il permet d'analyser la propagation de signaux dans des milieux biologiques, tels que le cœur ou le cerveau.

WALTer est un projet dédié à l'analyse de données de réseaux, à la modélisation de systèmes complexes et à la simulation de croissance de plantes. Il offre une plateforme robuste pour les scientifiques et les ingénieurs travaillant dans les domaines de la biologie, de l'écologie et de l'agriculture.